Posted by hongiiv
요즘 다문화 가정이 부쩍 늘어남에 따라 유전적?으로 혼혈이 어떠한 장점을 가질지에 대한 질문을 받았다. 동물은 이런게 가능하지만, 사람은... -.-;;
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- 2009/02/25 잡종 by hongiiv
- 2009/02/21 캘리포니아 드디어 DecodeMe 승인 by hongiiv
- 2009/02/21 아이폰 JailBreak 2.2.1_5H11 by hongiiv
- 2009/02/21 $0 공짜로 당신의 유전자 검사를?? by hongiiv (2)
- 2009/02/13 초코파이 10초안에 먹기 by hongiiv (2)
- 2009/02/04 설문 중간 결과 by hongiiv
- 2009/02/04 설문조사(기간: 오늘부터 ~ 내맘대로) by hongiiv (8)
- 2009/02/03 HP Thin Client t5630 by hongiiv (2)
- 2009/02/03 23andMe 진행상황 by hongiiv (4)
- 2009/02/01 LG vs. LG by hongiiv
- 2009/01/30 기본을 잊다,,, by hongiiv (2)
- 2009/01/28 색상 공모??합니다. by hongiiv
- 2009/01/28 Serial 작업을 위한 MPI 래퍼 프로그램 by hongiiv (2)
- 2009/01/19 질병 검색 너마저도 포털로,,, by hongiiv
- 2009/01/19 Georss 제법인데,,, by hongiiv
- 2009/01/19 23andMe 진행상황 by hongiiv (2)
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캘리포니아 드디어 DecodeMe 승인
- Posted at 2009/02/21 18:22
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뉴욕 타임의 2008년 8월 기사에 "California Licences 2 Companies to Offer Gene Services" 따르면 23andMe와 Navigenics는 DTC 유전자 검사서비스에 대해서 캘리포니아에서 공식적으로 사업을 할 수 있게 되었다는 뉴스였다.
2009년 2월 Genetic Future 기사의 "deCODE now licensed in California"를 보면 이제서야 deCODE는 허락한것 같다. ^^;; 기사의 deCODE의 CEO의 사진이 너무 무섭게 나왔다.
향후 국내에서도 이러한 서비스가 수행된다면, 서비스를 어떻게 포장하고 제공하느냐에 따라서 어떤 기업은 원활하게 유전자검사를 할 수 있겠지만, 어떤 기업은 좀 힘들 수도 있겠다. 만약 당신이 하길 원한다면,,, 철저하게 준비해야 할껄~
2009년 2월 DTC 유전자 검사를 수행하는 기업과 제공하는 서비스 목록입니다. 참고하세요. 다운로드
American Society of Human Genetics의 "ASHG Statement on Direct-to-Consumer Genetic Testing in the United States"
2009년 2월 Genetic Future 기사의 "deCODE now licensed in California"를 보면 이제서야 deCODE는 허락한것 같다. ^^;; 기사의 deCODE의 CEO의 사진이 너무 무섭게 나왔다.
향후 국내에서도 이러한 서비스가 수행된다면, 서비스를 어떻게 포장하고 제공하느냐에 따라서 어떤 기업은 원활하게 유전자검사를 할 수 있겠지만, 어떤 기업은 좀 힘들 수도 있겠다. 만약 당신이 하길 원한다면,,, 철저하게 준비해야 할껄~
2009년 2월 DTC 유전자 검사를 수행하는 기업과 제공하는 서비스 목록입니다. 참고하세요. 다운로드
American Society of Human Genetics의 "ASHG Statement on Direct-to-Consumer Genetic Testing in the United States"
JAMA(The Journal of American Medical Association)의 DTC에 관한 글
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- 23andme, decode, navigenics
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아이폰 JailBreak 2.2.1_5H11
- Posted at 2009/02/21 17:13
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그동안 iPhone의 펌웨어 업그레이드를 하지 않고 있었다. 지금 사용하고 있는데 기능상으로 전혀 문제가 없었기 때문이기도 하지만, 귀차니즘으로 인해 아이튠즈에서 업그레이드 할거냐는 물음에 항상 "아니오"로 일관하고 있었다.
그러던 중 맥에서 논문정리로 사용하고 있는 Papers를 버전 1.9로 업그레이드를 하면서 iPhone과 동기화 될 뿐만 아니라, 손쉽게 iPhone에서도 PDF 파일을 읽을 수 있어서, 구매를 하려고 했더니 현재 iPhone에서 지원하지 않는다는 에러를 내뿜었다. 바로 펌웨어 업그레이드를 수행하고 탈옥을 시도 했다.
PwangeTool은 펌웨어 2.2.1_5H11을 제대로 지원하지 않는다.
업그레이드 된 펌웨어는 2.2.1_5H11 버전으로 처음에 PwnageTool로 Custom 펌웨어를 생성하려 했더니 2.2.1_5H11버전을 인식하지 못했다. PwangeTool을 2.2.5버전을 사용했더니 문제없이 Custom 펌웨어가 생성되어 아이폰을 DFU모드로 진입한 후 iTunes에서 펌웨어를 업데이트 하였더니, 1600에러가 발생했다. 구글 검색결과 이런 문제가 발생한 유저가 나만이 아닌것을 발견했다. 해결책은 PwangeTool 대신 QuickPwn을 이용해서 Custom 펌웨어를 생성하고 적용했더니 문제없이 jailbreak가 수행되었다.
QuickPwn을 사용하자~~
다시 AppStore에서 Papers를 다운로드 하고, 바로 맥의 Papers와 동기화 시킨후 이제는 아이폰에서 논문을 보고, 정리할 수 있게 되었다. ^^;;
그러던 중 맥에서 논문정리로 사용하고 있는 Papers를 버전 1.9로 업그레이드를 하면서 iPhone과 동기화 될 뿐만 아니라, 손쉽게 iPhone에서도 PDF 파일을 읽을 수 있어서, 구매를 하려고 했더니 현재 iPhone에서 지원하지 않는다는 에러를 내뿜었다. 바로 펌웨어 업그레이드를 수행하고 탈옥을 시도 했다.
PwangeTool은 펌웨어 2.2.1_5H11을 제대로 지원하지 않는다.
업그레이드 된 펌웨어는 2.2.1_5H11 버전으로 처음에 PwnageTool로 Custom 펌웨어를 생성하려 했더니 2.2.1_5H11버전을 인식하지 못했다. PwangeTool을 2.2.5버전을 사용했더니 문제없이 Custom 펌웨어가 생성되어 아이폰을 DFU모드로 진입한 후 iTunes에서 펌웨어를 업데이트 하였더니, 1600에러가 발생했다. 구글 검색결과 이런 문제가 발생한 유저가 나만이 아닌것을 발견했다. 해결책은 PwangeTool 대신 QuickPwn을 이용해서 Custom 펌웨어를 생성하고 적용했더니 문제없이 jailbreak가 수행되었다.
QuickPwn을 사용하자~~
다시 AppStore에서 Papers를 다운로드 하고, 바로 맥의 Papers와 동기화 시킨후 이제는 아이폰에서 논문을 보고, 정리할 수 있게 되었다. ^^;;
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- 1600, 2.2.1_5H11, iphone 1600 error, jailbreak, 아이폰
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$0 공짜로 당신의 유전자 검사를??
- Posted at 2009/02/21 01:42
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도대체가 무슨 소린지 모르겠지만,,, 암튼 오늘 우연히 The Personal Genome, Bioinformatics.org, GenomeWeb, 다음 백과사전에서 공짜 유전자 검사(엄밀히 말하자면 genotyping) 프로젝트를 위해 서명을 받는다는 일년여전의 글을 보게 되었습니다.
그런데 이게 얼마전 한국인 whole genome 시퀀싱을 담당했던 KOBIC을 통해서 제공되고 있었습니다. 프로젝트 웹사이트는 personalgenome.net을 통해서 접속할 수 있습니다.
$0 Genomics Project라는 이름으로 프로젝트가 시작한지는 한 2년 넘은것 같은데,,, 어떻게 진행되는건지,, 하긴 하는건지 잘 모르겠지만, 버젓이 사이트가 존재하니 한번 신청해보는것은 어떨지,,, 혹시 이 기사에 대해서 아시는 분은 댓글좀 ^^;; 제가 잘못 알고 있는건 아닌지,,,-.-;;
그럼 하버드 메디컬 스쿨의 조지 처치 박사의 PGP-10을 시작으로 하는 Personal Genome Project와는-.-;;
이런식으로 이메일과 이름만 딸랑 적고,, 그것도 공개적으로 이렇게 신청해도 되는건가?? 현재 위키페이지를 통해서 서명을 받고 있습니다. 이 서명이 정부에게 얼마나 어필될지? 또한 향후 어떠한 식으로 운영될지는 잘모르겠지만, 암튼 재미는 있을것 같네요.
그런데 이게 얼마전 한국인 whole genome 시퀀싱을 담당했던 KOBIC을 통해서 제공되고 있었습니다. 프로젝트 웹사이트는 personalgenome.net을 통해서 접속할 수 있습니다.
$0 Genomics Project라는 이름으로 프로젝트가 시작한지는 한 2년 넘은것 같은데,,, 어떻게 진행되는건지,, 하긴 하는건지 잘 모르겠지만, 버젓이 사이트가 존재하니 한번 신청해보는것은 어떨지,,, 혹시 이 기사에 대해서 아시는 분은 댓글좀 ^^;; 제가 잘못 알고 있는건 아닌지,,,-.-;;
그럼 하버드 메디컬 스쿨의 조지 처치 박사의 PGP-10을 시작으로 하는 Personal Genome Project와는-.-;;
이런식으로 이메일과 이름만 딸랑 적고,, 그것도 공개적으로 이렇게 신청해도 되는건가?? 현재 위키페이지를 통해서 서명을 받고 있습니다. 이 서명이 정부에게 얼마나 어필될지? 또한 향후 어떠한 식으로 운영될지는 잘모르겠지만, 암튼 재미는 있을것 같네요.
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초코파이 10초안에 먹기
- Posted at 2009/02/13 17:49
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엊그제였나? 새벽에 티비에서 비열한거리를 방송하는데, 초코파이 10초안에 먹기 내기를 하는 장면이 나온다. 발렌타인데이를 맞아 초코파이가 몇개 생겨서 김군과 30만원 내기를 했다. 성공하는 사람한테 주기로,,, 결과는 초코파이를 씹지 않고 꿀떡 삼킨다면 성공할지 몰라도 씹는 순간 머리속에 드는 생각은 "10초가지고는 어림도 없는데,, 침은 다 어디로 간거야??"
한번 해보시고 성공하시는분은 연락주세요, 초코파이 한상자 드릴께요 ^^
덧) 공정한 게임을 위해 둘다 먹는 모습을 핸드폰 동영상으로 남겨놨는데, 차마 공개하기가~~
한번 해보시고 성공하시는분은 연락주세요, 초코파이 한상자 드릴께요 ^^
덧) 공정한 게임을 위해 둘다 먹는 모습을 핸드폰 동영상으로 남겨놨는데, 차마 공개하기가~~
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- 초코파이
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예상외로 많은 분들이 답변을 해주셨습니다. 감사드립니다. 설문의 내용이 뒤죽박죽이라는 많은 질타를 받았습니다. 다시 한번 이부분에 대해서 사과 말씀 드리겠습니다. ^^;;
본 설문의 목적은 사람들의 유전자 검사에 대해서 얼마만큼 관심을 갖고 있는지에 대해서 알아보고 그렇다면 이러한 유전자 검사시 사람들이 바라는 점은 무엇인지에 대해 자세히는 아니지만 한번 알아보고 싶어서였습니다. 기본적으로 설문을 함에 있어서 목적을 명시하고 기타 설문의 내용에 대해 충분한 숙지가 있어야 함은 기본일텐데 이런것 다 무시하고 열심히 설문에 응해 주셔서 다시 한번 꾸벅~
그럼 간단하게 지금까지 총 80여분이 설문에 응해 주셨습니다. 워낙 설문 자체가 엉망이라 결과는 제가 좀 묶어 놨습니다. 중복스러운 내용도 있고 해서~~
첫번째 유전자 검사에 대해서 들어는 봤는지에 대한 내용입니다.
믿음이 가건 안가건 어쨌든 한번쯤 유전자 검사에 대해 들어보신 분들이 전체 85%를 차지하고 있습니다. 많은 분들이 유전자 검사에 대해 정도의 차이는 있겠지만 알고들 계십니다.
두번째는 23andMe 서비스를 받아 볼 의향이 있는냐는 내용입니다.
23andMe는 48% 절반 정도가 모르고 계시지만, 알고계신 분들만 보자면, 70%가 23andMe 서비스를 한번쯤 받아보고 싶어하셨습니다.
세번째는 그렇다면 이런 유전자 검사시 어떠한 점이 문제가 되는냐는 내용입니다.
50%가 넘는 분들이 비용에 대한 문제점을 지적해주셨습니다. 역시 돈만 있다면 검사를 하겠다는,,,-.-;; 그다음으로는 24%가 검사를 해봤자 쓸데 없는 걱정만 늘 수 있다고 응답하셨으며, 결과에 대한 지속적인 관리 문제(20%)와 검사 결과에 대한 신뢰(4%)라고 답변 주셨습니다.
네번째는 이런 검사 결과에 대해 어떻게 대응할 것인지에 대한 내용입니다.
제가 생각했던과는 달리 60%가 넘는 분들이 적극적으로 대응하겠다고 응답하셨고, 관심없거나 검사결과는 결과일뿐 그냥 살겠다는 분들이 36%였습니다.
마지막은 아직 태어나지 않은 착상전 배아에 대한 질문입니다.
아직 태어나지 않은 생명체에 대한 유전자 검사를 통한 일종의 선별?은 60%가 반대를 하셨지만, 40%는 찬성의 응답을 하셨습니다.
결론적으로 많은 분들이 유전자 검사에 대해서 흥미를 느끼고, 결과에 대한 신뢰를 떠나 한번 받아 보고 싶어하셨지만, 비용이나 검사 결과의 신뢰에 대해 많은 의문을 갖고 계셨습니다. 그렇다면 과학적인 근거를 통해 일반인들도 쉽게 수긍할 수 있는 리포팅을 제공하고 지속적인 관리가 이루어져야만 국내에서도 유전자검사가 뿌리 내릴 수 있을것 같습니다. 그러나 태어나기전 생명체에 대해서는 부정적이십니다. ^^;;
이상 제멋대로 설문과 제멋대로 해석이었습니다. ^^
본 설문의 목적은 사람들의 유전자 검사에 대해서 얼마만큼 관심을 갖고 있는지에 대해서 알아보고 그렇다면 이러한 유전자 검사시 사람들이 바라는 점은 무엇인지에 대해 자세히는 아니지만 한번 알아보고 싶어서였습니다. 기본적으로 설문을 함에 있어서 목적을 명시하고 기타 설문의 내용에 대해 충분한 숙지가 있어야 함은 기본일텐데 이런것 다 무시하고 열심히 설문에 응해 주셔서 다시 한번 꾸벅~
그럼 간단하게 지금까지 총 80여분이 설문에 응해 주셨습니다. 워낙 설문 자체가 엉망이라 결과는 제가 좀 묶어 놨습니다. 중복스러운 내용도 있고 해서~~
첫번째 유전자 검사에 대해서 들어는 봤는지에 대한 내용입니다.
믿음이 가건 안가건 어쨌든 한번쯤 유전자 검사에 대해 들어보신 분들이 전체 85%를 차지하고 있습니다. 많은 분들이 유전자 검사에 대해 정도의 차이는 있겠지만 알고들 계십니다.
두번째는 23andMe 서비스를 받아 볼 의향이 있는냐는 내용입니다.
23andMe는 48% 절반 정도가 모르고 계시지만, 알고계신 분들만 보자면, 70%가 23andMe 서비스를 한번쯤 받아보고 싶어하셨습니다.
세번째는 그렇다면 이런 유전자 검사시 어떠한 점이 문제가 되는냐는 내용입니다.
50%가 넘는 분들이 비용에 대한 문제점을 지적해주셨습니다. 역시 돈만 있다면 검사를 하겠다는,,,-.-;; 그다음으로는 24%가 검사를 해봤자 쓸데 없는 걱정만 늘 수 있다고 응답하셨으며, 결과에 대한 지속적인 관리 문제(20%)와 검사 결과에 대한 신뢰(4%)라고 답변 주셨습니다.
네번째는 이런 검사 결과에 대해 어떻게 대응할 것인지에 대한 내용입니다.
제가 생각했던과는 달리 60%가 넘는 분들이 적극적으로 대응하겠다고 응답하셨고, 관심없거나 검사결과는 결과일뿐 그냥 살겠다는 분들이 36%였습니다.
마지막은 아직 태어나지 않은 착상전 배아에 대한 질문입니다.
아직 태어나지 않은 생명체에 대한 유전자 검사를 통한 일종의 선별?은 60%가 반대를 하셨지만, 40%는 찬성의 응답을 하셨습니다.
결론적으로 많은 분들이 유전자 검사에 대해서 흥미를 느끼고, 결과에 대한 신뢰를 떠나 한번 받아 보고 싶어하셨지만, 비용이나 검사 결과의 신뢰에 대해 많은 의문을 갖고 계셨습니다. 그렇다면 과학적인 근거를 통해 일반인들도 쉽게 수긍할 수 있는 리포팅을 제공하고 지속적인 관리가 이루어져야만 국내에서도 유전자검사가 뿌리 내릴 수 있을것 같습니다. 그러나 태어나기전 생명체에 대해서는 부정적이십니다. ^^;;
이상 제멋대로 설문과 제멋대로 해석이었습니다. ^^
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설문조사(기간: 오늘부터 ~ 내맘대로)
- Posted at 2009/02/04 09:19
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본 설문은 지난밤에 횡설수설 작성된 것이며, 일관성 없고 질문 또한 중복적일 수 있습니다. 그냥 마우스 가는 대로 작성해주시면 참~고맙겠습니다. :)
자! 그럼 시작합니다.
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- 설문, 유전자 검사
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HP Thin Client t5630
- Posted at 2009/02/03 16:43
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이제 사무실에서 업무를 보기 위해서는 말로만 듣던 Thin Client를 통해서 Blade 서버에 접속해서 사용해야 한다. ㅠㅠ,, 이미 HP t5630에 Windows® XP Embedded SP2가 설치되어 있었다.
그럼 요놈을 말그대로 thin client로 사용할 것인가?? 우선 USB에 우분투 부팅 이미지를 만들어서 우분투 부팅은 성공했구,,, 이제 네트웍만 어떻게 우회하면 ^^;; 잡혀갈려나,,,
HP t5630
그럼 요놈을 말그대로 thin client로 사용할 것인가?? 우선 USB에 우분투 부팅 이미지를 만들어서 우분투 부팅은 성공했구,,, 이제 네트웍만 어떻게 우회하면 ^^;; 잡혀갈려나,,,
HP t5630
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- HP t5630, thin client
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23andMe 진행상황
- Posted at 2009/02/03 10:06
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천신만고 끝에 spit sample이 미국의 지인에게 도착했고, 이어서 다시 23andMe에 잘 전달되었다는 메일을 받았습니다. 분석은 8-10주 두달 넘게 걸린다는군요, 그럼 4월달에는 결과를 받아 볼 수 있을것 같습니다.
그전에 23andMe에서는 간단한 설문을 하고 있는데,, 대충 이런것들입니다. "당신은 유당불내증(lactose intolerant) 정도는?" 즉 우유를 먹으면 배가 꾸르륵 거리냐는 것같이 실제 유전자와 관련된 trait에 대한것들을 물어보고 있습니다. 유당불내증 관련 SNP과 일치하는지 확인해 볼 수도 있고 23andMe 이용자들과 비교해 볼 수도 있습니다. 대부분의 사용자들이 우유 먹어도 괜찮다고 하는군요 ^^;; 저도 설문을 시작했는데,, 향후 이런 설문 결과와 실제 genotyping 결과와 비교해서 에러율을 보는것도 재미있겠네요 : )
밀크쉐이크는 나의 적!!! 재미있는 문구로 설문을 유혹하는구나!!
그전에 23andMe에서는 간단한 설문을 하고 있는데,, 대충 이런것들입니다. "당신은 유당불내증(lactose intolerant) 정도는?" 즉 우유를 먹으면 배가 꾸르륵 거리냐는 것같이 실제 유전자와 관련된 trait에 대한것들을 물어보고 있습니다. 유당불내증 관련 SNP과 일치하는지 확인해 볼 수도 있고 23andMe 이용자들과 비교해 볼 수도 있습니다. 대부분의 사용자들이 우유 먹어도 괜찮다고 하는군요 ^^;; 저도 설문을 시작했는데,, 향후 이런 설문 결과와 실제 genotyping 결과와 비교해서 에러율을 보는것도 재미있겠네요 : )
밀크쉐이크는 나의 적!!! 재미있는 문구로 설문을 유혹하는구나!!
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- 23andme
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데이터가 돌고 있을땐 마땅히 다른일을 하고 싶지가 않다. 멍하니 디버깅 메세지를 쳐다 보거나, 음악을 듣는게 고작이었는데,, 요즘은 미국 돌아다니는 재미에 푹 빠졌다.
오늘은 뉴욕 브로드웨이를 구글맵으로 휘젓도 돌아다니다 타임 스퀘어에서 LG 발견,,, 혹시나 하고 다음 지도를 통해서 한국의 타임스퀘어?? 종로 교보타워를 가보니 왠걸 여기도 LG,,,
특별히 LG를 좋아한다거나, 지인이 있는건 아니지만,, 암튼 반갑다~~!! 그나저나 LG전자 제품이 나에겐,,,, 없네 ^^;;
오늘은 뉴욕 브로드웨이를 구글맵으로 휘젓도 돌아다니다 타임 스퀘어에서 LG 발견,,, 혹시나 하고 다음 지도를 통해서 한국의 타임스퀘어?? 종로 교보타워를 가보니 왠걸 여기도 LG,,,
특별히 LG를 좋아한다거나, 지인이 있는건 아니지만,, 암튼 반갑다~~!! 그나저나 LG전자 제품이 나에겐,,,, 없네 ^^;;
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- 구글, 구글맵, 다음, 다음 로드뷰, 다음지도, 스티리트뷰
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더욱더 늘어난 저 선들은 어쩌냐고,,,
오늘은 두 가지 기본에 대해서 짚고 넘어가려고 한다. 첫번째는 매뉴얼을 읽지 않는다는것, 내가 만든 매뉴얼은 다른 사람이 읽지도 않고 질문한다고 뭐라고 하는데,,, 나또한 정작 외부 시스템을 사용할때는 매뉴얼을 읽지 않는다... KISTI 슈퍼컴 사용 매뉴얼을 읽지 않고 그냥 job을 던졌다가 낭패 ^^;; 10분정도 시간을 내어 읽어봤다. 디버그 노드에서 mpi 작업을 실행해 볼 수 있다니 비록 30분이긴 하지만,,, 매뉴얼 잊지 말자!!!
두번째는 공개된 데이터에 대한 문제이다. 아무 생각없이 last 폴더를 받았는데,,, 이런 설날 전에 넣은 데이터는 멀쩡히 잘 visualization이 되는데 설 이후 받은 데이터는 보이질 않는다, 설날 후에 last 폴더는 더이상 설날전의 last 폴더가 아닌 관계로... 요번주내내 요것때문에 고생,, 괜히 엄한 곳만 쑤셔놓기만,,,ㅎㅎㅎ
기본 기본 충실 충실!!!
두번째는 공개된 데이터에 대한 문제이다. 아무 생각없이 last 폴더를 받았는데,,, 이런 설날 전에 넣은 데이터는 멀쩡히 잘 visualization이 되는데 설 이후 받은 데이터는 보이질 않는다, 설날 후에 last 폴더는 더이상 설날전의 last 폴더가 아닌 관계로... 요번주내내 요것때문에 고생,, 괜히 엄한 곳만 쑤셔놓기만,,,ㅎㅎㅎ
기본 기본 충실 충실!!!
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- 맥북, 선
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색상 공모??합니다.
- Posted at 2009/01/28 17:24
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일전에 포스팅에서도 잠깐 언급했었는데,, 현재 KSNP 데이터베이스를 gbrowse 기반으로 작성하고 있습니다. 그런데 여기서 인종별로 SNP의 빈도를 파이챠트 형식으로 보여주는 부분이 있습니다. 한국인의 경우에는 만명에 대한 Genotyping 결과를 토대로 작성되었구요. HapMap에서는 빨강,파랑으로 보여주는데 영~ 맘에 들지 않는군요, 그래서 한번 제 맘대로 바꿔 봤는데 이것도 영~~~
좋은 색상 조합있으며 댓글로 남겨주시면 그 중 제일 맘에 드는 놈으로 바꿔 보려고 합니다. 여러분이 제안한 색상 조합이 한국인을 대표한는 Genome 브라우저에 사용될 수 있으니까요 : )
HapMap의 원래 색상
바꿔본 색상
좋은 색상 조합있으며 댓글로 남겨주시면 그 중 제일 맘에 드는 놈으로 바꿔 보려고 합니다. 여러분이 제안한 색상 조합이 한국인을 대표한는 Genome 브라우저에 사용될 수 있으니까요 : )
HapMap의 원래 색상
바꿔본 색상
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- hapmap, 색상
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Serial 작업을 위한 MPI 래퍼 프로그램
- Posted at 2009/01/28 14:39
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KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 tachyon의 경우 사용자당 10개의 job만 제출할 수 있다. 따라서 실행할 작업이 시리얼한 작업일 경우 한번에 10개 이상의 노드를 사용하기 위해서는 아래와 같이 MPI 코드로 래퍼를 만들어서 실행하면 원하는 갯수 만큼의 시리얼 작업을 한번에 수행할 수 있다.
script_0.sh ~ script_N.sh의 스크립트를 미리 만들어 놓은 후 실행 스크립트에서 #$ -pe mpi_fu N으로 지정하면 N개의 스크립트를 하나의 qsub로 해결~!!
=====mpi_wrapper.c=====
#include "mpi.h"
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
int main( int argc, char *argv[])
{
int done = 0, n, myid, numprocs, i;
int namelen;
char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];
MPI_Init(&argc,&argv);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&numprocs);
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&myid);
MPI_Get_processor_name(processor_name,&namelen);
char script[100];
char *scr="script_";
fprintf(stderr,"debug msg>> Process %d on %s\n",
myid, processor_name);
for(i=0;i<numprocs;i++){
if(myid==i){
sprintf(script,"/home/hongiiv/mpi_example/%s%d.sh",scr,i);
system(script);
}
}
MPI_Finalize();
return 0;
}
=====mpi_run.sh=====
#!/bin/bash
#$ -V
#$ -cwd
#$ -N impute_mpi
#$ -pe mpi_fu 20
#$ -q normal
#$ -R yes
#$ -wd /work01/사용자아이디
#$ -l normal
#$ -M 사용자이메일
#$ -m e
mpirun -machinefile $TMPDIR/machines -np $NSLTOS ./mpi_wrapper
=====작업 제출=====
qsub mpi_run.sh
결과는 아직 큐에 대기중이라 실행되고 있지않음,,, : )
script_0.sh ~ script_N.sh의 스크립트를 미리 만들어 놓은 후 실행 스크립트에서 #$ -pe mpi_fu N으로 지정하면 N개의 스크립트를 하나의 qsub로 해결~!!
=====mpi_wrapper.c=====
#include "mpi.h"
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
int main( int argc, char *argv[])
{
int done = 0, n, myid, numprocs, i;
int namelen;
char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];
MPI_Init(&argc,&argv);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&numprocs);
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&myid);
MPI_Get_processor_name(processor_name,&namelen);
char script[100];
char *scr="script_";
fprintf(stderr,"debug msg>> Process %d on %s\n",
myid, processor_name);
for(i=0;i<numprocs;i++){
if(myid==i){
sprintf(script,"/home/hongiiv/mpi_example/%s%d.sh",scr,i);
system(script);
}
}
MPI_Finalize();
return 0;
}
=====mpi_run.sh=====
#!/bin/bash
#$ -V
#$ -cwd
#$ -N impute_mpi
#$ -pe mpi_fu 20
#$ -q normal
#$ -R yes
#$ -wd /work01/사용자아이디
#$ -l normal
#$ -M 사용자이메일
#$ -m e
mpirun -machinefile $TMPDIR/machines -np $NSLTOS ./mpi_wrapper
=====작업 제출=====
qsub mpi_run.sh
결과는 아직 큐에 대기중이라 실행되고 있지않음,,, : )
Posted by hongiiv
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- kisti, mpi, wrapper
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질병 검색 너마저도 포털로,,,
- Posted at 2009/01/19 12:32
- Filed under blogging
작년 말에 네이버에서 "건강전문 검색 서비스"라는 명목으로 "건강 스마트 파인더 or 질병 스마트 파인더"라는 이름으로 스마트파인더 서비스를 추가했습니다. 말그대로 "똑똑한 찾아주기" 서비스에 질병이라는 주제를 결합했습니다.
23andMe와 같은 서비스에서 중요한 항목중 하나가 바로 질병에 관한 정보도 포함되어있습니다. 바로 향후 개인별 맞춤의학으로 가기 위한 하나의 중요한 데이터가 될 수 있겠습니다. 이를 이제 네이버 포털에서도 다룹니다. 언젠간 포털에서 23andMe 서비스를 하게 될지도?? 뭐 어찌되었건,, 공공에 몸담고 있는 저로서는 질병정보 정도는 국가차원에서 체계적으로 정보를 제공하는 것도 괜찮을 것 같은데,,, 말이죠,,, 뭐 물론 포털에서도 하고요 ^^;;
암튼 좀 아쉬움이 남습니다. 더욱 발전하는 모습은 커녕 제대로된 서비스 조차 못하고 있으니,,, 어떻게 지금이라도 좀 더 알찬 컨텐츠와 손쉬운 접근으로 변경하지 않으련,,,,
증상을 선택하면 해당 증상에 대한 질병정보가 나오죠,,
질병관리본부에서 제공하는 질병정보 - 네이버의 인체 모습이랑 닮았구나!! :)
간단하게 살펴보면, 성별과 어떤 부위에 관련한 증상인지를 선택하면 관련한 질병의 목록이 나타나고 해당 질병을 선택하면 서울대학교병원에서 제공하는 질병정보를 볼 수 있도록 하고 있습니다. 네 그렇습니다. 원래? 질병에 관한 정보는 질병관리본부에서도 제공하고 있었죠,,, 네, 파이어폭스에서 제대로 검색이 되지도 않아서 파폭 검색 플러그인도 만들었었죠 ^^;어머니도 자주 급체를 하시는데,,,,
23andMe와 같은 서비스에서 중요한 항목중 하나가 바로 질병에 관한 정보도 포함되어있습니다. 바로 향후 개인별 맞춤의학으로 가기 위한 하나의 중요한 데이터가 될 수 있겠습니다. 이를 이제 네이버 포털에서도 다룹니다. 언젠간 포털에서 23andMe 서비스를 하게 될지도?? 뭐 어찌되었건,, 공공에 몸담고 있는 저로서는 질병정보 정도는 국가차원에서 체계적으로 정보를 제공하는 것도 괜찮을 것 같은데,,, 말이죠,,, 뭐 물론 포털에서도 하고요 ^^;;
제공은 서울대학교 병원
암튼 좀 아쉬움이 남습니다. 더욱 발전하는 모습은 커녕 제대로된 서비스 조차 못하고 있으니,,, 어떻게 지금이라도 좀 더 알찬 컨텐츠와 손쉬운 접근으로 변경하지 않으련,,,,
Posted by hongiiv
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- 네이버, 스마트파인더, 질병검색, 질병관리본부
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Georss 제법인데,,,
- Posted at 2009/01/19 11:21
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요즘 만들고 있는 웹페이지? 가 하나 있는데, 여기에 지도 정보를 표시할 일이 생겼다. 네이버니 야후등을 제치고 그냥 구글맵으로 하기로 했는데, 내가 원하는 줌레벨에서는 하이브리드(지도+위성사진)가 지원하지 않아 일일이 구글맵에서 선 긋고 표식을 붙인 후 이를 Georss로 저장해서 몇가지 정보를 덧붙여 볼 수 있도록 해뒀다. 언제 KML 형식에서 Georss 형식으로 바뀐거야??
Posted by hongiiv
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- google maps, 구글맵
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23andMe 진행상황
- Posted at 2009/01/19 11:08
- Filed under blogging
우역곡절 끝에 23andeMe 킷을 국내로 배송됐고, 이를 다시 미국의 지인께 침을 뱉어서 EMS로 보냈습니다. 이게 생긴게 바이오해저드 마크가 찍힌 봉투라 혹시 미국세관에서 문제가 되지 않을까 걱정했다. 토이, $10라고 해서 보냈는데,, ^^;;
침을 용기에 뱉은 후
비닐 봉투에 넣고
무사히 세관 통과하고 배달됐다는 메세지를 EMS 행방조회를 통해 확있했고, 이제 지인께서 다시 Fedex로 보내주시기만 하면 한달 정도 후에는 결과를 볼 수 있게 된다.
관세랑 킷 가격 등등을 포함해 거의 돈 백만원이 훌쩍 깨져 버렸는데, 무사히 결과가 나와야 할텐데,,
접수부터 통관 도착까지 긴박한 순간순간들 - 통관에서 좀 시간이 걸려서 조마조마했다는,,,김모군 왈 느긋하게 기다려 일주일도 걸려~~
침을 용기에 뱉은 후
비닐 봉투에 넣고
이를 다시 FedEx 봉투에 ^^;;
무사히 세관 통과하고 배달됐다는 메세지를 EMS 행방조회를 통해 확있했고, 이제 지인께서 다시 Fedex로 보내주시기만 하면 한달 정도 후에는 결과를 볼 수 있게 된다.
관세랑 킷 가격 등등을 포함해 거의 돈 백만원이 훌쩍 깨져 버렸는데, 무사히 결과가 나와야 할텐데,,
접수부터 통관 도착까지 긴박한 순간순간들 - 통관에서 좀 시간이 걸려서 조마조마했다는,,,김모군 왈 느긋하게 기다려 일주일도 걸려~~
Posted by hongiiv
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- 23andme
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