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이공계의 갈등(생물과 공학) ^^

요즘 genome browser(뭐 이미 공개된 브라우저에 데이터만 넣은거지만,,)를 만들고 사람들에게 한번 써보라고 했다.

내 생각:
검색어에는 자신이 원하는 gene이름, snp번호, 염색체상의 일정 영역등 자세한? 내용을 넣어 검색해 주기를 원했는데,,,

사용자 생각:
검색어에 그냥 당뇨, 인슐린, 유방암 이렇게 넣어버렸다.

차이:
브라우저의 용도에 맞는 검색어를 넣어주기를 바랬지만, 실상은 그렇지 않았다. 너무 포괄적인 검색어를 넣어 버리는 바람에 검색 속도가 늦어 버리는 결과가 생겨 버린것이다.

genome browser


사용자에게 이건 이런 용도니까 이런 검색어를 넣고, 접두사는(사이트 검색시 site: 처럼) 뭐를 넣으세요. 설명한다면 그건 내가 지는 거다. 아니 내가 잘못 만든거다.

그럼 해결책은 광범위한 검색어를 한번 걸러서 검색할 수 있도록 하는 수 밖에는 없다. 사용자들은 그냥 자기가 원하는 것을 입력한다. 검색어를 넣는데 이런 저런 설명은 필요없다. ㅜㅜ;;

Posted by hongiiv

2009/03/18 21:32 2009/03/18 21:32
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23andMe 새로운 유전자 연구의 장을 열다.

몇일전에 23andMe의 블로그에 파킨슨병에 대한 내용이 올라왔습니다. 일전에 구글의 창업자인 세르게이 브린이 23andMe를 통해서 자신 파킨슨병에 대한 민감도가 높다는 검사 결과와 함께 가족력도 있다고하여 한때 구글의 주가가 살짝 내려가는 소동도 있었는데,, 그걸로 끝나는게 아니었습니다.

파킨슨병 연구소와, 마이클제이폭스재단, 그리고 구글의 세리게이브린의 돈?의 도움을 받아 만명(명수는 저희 연구소와 같군요 ^^)에 대해서 25달러라는 파격적인 가격(원래는 399달러죠)으로 검사를 하고 이를 파킨슨병 연구에 쓴다고 합니다.
23andMe

기본적으로 많이들 하는 GWAS를 이용한 연구가 되겠지만, 샘플을 모으는 방법이나, 그 과정이 꽤 흥미로울것 같습니다. Research 2.0 어쩌구 ^^;;

23andme

이미 23andMe에는 파킨슨병 커뮤니티를 만들고 세르게이 브린의 편지까지 올려 놓은 상태입니다. 이젠 GWAS 연구자들 좀 더 분발해야할 듯 합니다.

이제 좀 있으면 23andMe 솔렉사 시퀀서 구매!! Whole-genome 분석 서비스 시작 이런 기사가 나올듯,,,

Posted by hongiiv

2009/03/13 14:03 2009/03/13 14:03
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말하는 아이팟

오늘 애플 홈페이지에 들어가 보니 아이팟 셔플의 새모델이 나와있네요. 더욱 크기도 작아지고, 그동안 셔플의 문제였던 외부 디스플레이가 없어서 불편했던 점을 "말하기"로 날려버렸네요.

samll talk
근데 스몰토크를 보니 프로그래밍 랭귀지가 생각나는건,,,,

곡명과 아티스트, 재생목록의 이름, 배터리 상태까지도 알려 준다고 하네요. 셔플은 셔플 나름대로 아이팟과는 다른 형태로 잘 진화되는것 같습니다. 갑자기 셔플이 급 갖고 싶어지네요 ^^;;

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2009/03/12 16:44 2009/03/12 16:44
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언젠가 쓸모가 있을듯 하여 Keynote로 작성해봤습니다. ^^ 원본은 "How Decoding Our Genetic Secrets Can Save Our Lives"입니다. "맞춤의료와 예방의학에 활용되는 유전체 해독"이라는 이름으로 한글화 해봤습니다. 도움 주신분들 감사합니다. ^^;;


출처: Google Backs Harvard Scientist's 100,000-Genome Quest (Update2) - Bloomberg

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2009/03/10 21:29 2009/03/10 21:29
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1000 genome - 데이터 다루기

이전 포스팅에서 잠깐 언급했던 솔렉사의 시퀀서 - 한국인 최초 공개 Whole Genome Sequencing도 이 솔렉사 시퀀서를 이용했습니다.

1000 genomes 프로젝트도 이 기계를 사용하는데, 그 결과가 속속 공개되고 있습니다. 제가 즐겨 찾는 YOKOFAKUN 블로그에 데이터에 대한 이야기가 나와서 몇가지 찾아봤습니다.

우선 현재 기계 한계상 한꺼번에 인간의 모든 염기서열을 읽어내는 것은 불가능합니다. 그럼 어떻게 읽을까요? 처음부터 끝까지 순서대로~ 예 언젠가는 차차차세대 시퀀서가 나온다면야 가능하겠지만, 우선 현재 기술로는 불가능하기 때문에 여러가지 방법중에 하나가 Shotgun 방법을 이용하는 것입니다.

shotgun
출처 : https://eapbiofield.wikispaces.com/Ch+21+Genomes+and+Their+Evolution+LEW

위에 그림에서와 같이 조각 조각난 단편들을 모아서 하나로 합치는 방법을 사용하게 됩니다. 자 여기서 여러가지 문제가 발생하겠죠 ^^  뭐를 기준으로 저 조각들을 모을것인가? 하는 문제가 있을 수 있겠습니다. 퍼즐이야 원본 그림이 있으니 그것을 기준으로 맞춘다지만,,, ^^;;

저런 수많은 단편들은 또 어떠한 포맷으로 만들어서 사용할까요? FASTQ와 SAM 이라는 포맷으로 수많은 단편의 정보들이 만들어지고 있고 현재 1000 genome에서 다운로드 할 수 있습니다.

YOKOFAKUN 블로그에서는 솔렉사 기계에서 뛰쳐나온 천여명의 데이터를 어떻게 데이터베이스에 넣어서 분석해야 할지에 대해 고민하고 있는데,, Sanger에서는 데이터베이스에 넣고 사용하지 않고 SAM 파일 포맷을 BAM이라는 바이너리 포맷으로 바꾸어서 분석하고 있다네요.
 
FASTQ 포맷(Fasta포맷에 여러가지 정보를 덧 넣은)은 Maq라는 프로그램으로, SAM 포맷은 BAM으로 변경해서 SAMTools로~~

FASTQ
FASTQ 파일 포맷

SAM
SAM 파일 포맷

우선 1000 genome 프로젝트의 FTP에서 bam 파일을 하나 다운로드 합니다.

1) 우선 소팅을 수행합니다.
# samtools sort test.bam

2) 인덱스를 생성하고,
# samtools index test.sorted.bam

3)자신이 원하는 부분을 검색하거나,
# samtools view test.sorted.bam 22:1000-2000

samtools view

4)align된 형태로 보기도 합니다.
# samtools tview test.sorted.bam

samtools tview

자~ 이제 엄청난 데이터를 가지고 놀아볼 준비가 되었습니다. 뭘 하고 놀지는 각자 알아서~

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2009/03/05 17:49 2009/03/05 17:49
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갈라 먹기

UCSC Genome Browser는 HGP를 가져갔고, GBrowser는 HapMap을 가져갔고, Ensemble은 1000 Genome을 가져갔다. 그동안 Ensembl이 제일 불쌍했었는데, 들리는 소문에 의하면 Ensemble은 전세계를 투어하면서 자신들의 Browser를 활용하는 방법에 대해서 강연도 해준다고 한다. 이로써 셋이 나란히 한 프로젝트씩 나눠가졌다. 개인적으로는 GBrowser가 제일 좋은듯,,,^^;;

HapMap
HapMap with GBrowser

1000 genome
1000 Genomes with Ensembl

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2009/03/05 14:48 2009/03/05 14:48
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23andMe 진행상황 - 침의 전설

23andMe
예~ 8에서 10주 정도 걸린다고는 했지만,,, 로그인 하고 들어가면 상단에 저 메세지가 보입니다. 도대체 언제 내 샘플은 분석이 끝나려는지...

그러던 중에 오늘 23andMe 블로그에 과연 자신의 침 샘플이 어떻게 처리되고 있는지에 대해서 글이 올라왔더군요.
What Happens After I Spit? A Saliva Sample’s Saga - 샘플 침의 전설? 내 침은 어떻게 되었을까? 입니다. ^^;; 침을 보낸 후 부터 총 3단계에 걸쳐지는 내용을 포스팅했는데, 뭐 그닥 신선한 내용은 없습니다.

1단계: The Visual Exam(육안검사)
테크니션이 과연 제용량의 침을 뱉어 보냈는지 확인한답니다. 제대로 뱉어 보내지 않는 사람도 있다는 군요. 또한 철저하게 개인정보는 없고 바코드로 이루어진다는 내용입니다.

2단계: DNA Extraction(DNA 추출)
CSA CSI를 보면 바로 면봉으로 슬쩍 묻히면 다 나오죠^^ 그러나 실제로는 그렇지 않습니다. DNA를 추출하는 과정에서 샘플을 퀄리티가 좋지 않거나 해서 제대로 추출되지 않으면 환불 해준답니다. ^^;;

3단계: Genotyping
일루미나의 SNP 칩을 사용하고 있으며, 580,000 마커가 심겨져 있다고 합니다. 대략 육십만개의 SNP을 한방에 ^^;;

마지막으로 23andMe 직원(글쓴이)이 자신과 유전정보를 Share하자고(친구 맺자고)해서 친구 신청했는데,,, Basic(제한된정보)으로 승낙해줬네요.. 난 Extended Level로 신청했는데,,,,-.-;;

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2009/03/04 18:03 2009/03/04 18:03
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오래 간만에 책상 사진

책상
요즘 요렇게 해놓고 일하고 있습니다. 말이 필요없겠죠 ^^;;

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2009/03/03 23:45 2009/03/03 23:45
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Python으로 HTML을 PDF로 변환하기 2/2

아래와 같이 HTML 폼에 자신이 원하는 문구를 입력한 후 "Get PDF" 버튼을 클릭합니다.
Python PDF

그러면 요렇게 생성된 PDF 파일을 저장할것인지, 열것인지 물어보죠 ^^;;
Python PDF

열기를 선택하면 요렇게 뷰어가 실행되면서 생성된 PDF를 볼 수 있습니다.
상단에는 아까 입력한 문구가 들어가도록 PDF문서를 만들었습니다.
Python PDF

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2009/03/03 17:49 2009/03/03 17:49
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Python으로 HTML을 PDF로 변환하기

웹상에서 PDF로 뭔가를 리포팅할 일이 있어서 XHTML2PDF를 사용하기로 했다.  ReportLab을 그냥 써도 될것 같고,,,  한글을 작성하는데는 CSS에서 한글 폰트를 지정하면 간단히 해결되고, 문제는 한글폰트 부분에서 이미지를 불러오면 에러가 발생하기 때문에 영문 CSS 부분에다가 이미지를 삽입해야 한다.

Python PDF
HTML 문서를 작성하고

Python PDF
PDF로 변환

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2009/03/03 00:27 2009/03/03 00:27
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검색 엔진과 결합한 역학 & 감시 - 1

역학(epidemiology): 질병의 원인을 구명하는 학문으로 특정 위험 요소를 지닌 집단을 지속적으로 추적하여 인터뷰, 혈액 검사 등을 통해 원인으로 의심되는 위험 인자 후에 그 결과를 일으키는지에 대한 연구를 전향적 연구(prospective study)라고 하며, 역학 연구에서 전향적인 비교 연구를 코호트 연구라고 한다.

유전자 발굴 방법: 최근에는 이러한 역학에 있어서 유전자를 이용하는 방식이 사용되고 있는데, 이는 질병의 원인으로 의심되는 유전자에 대한 정보를 지닌 집단(환자)과 그렇지 않은 집단(정상인) 사이의 유전 마커의 빈도 차이를 조사하여 특정 유전자 또는 유전체 위치를 규명하는 연관성 연구(association study) 방법을 사용한다.

증후군 감시(syndromic surveillance): 질병의 초기 단계에서 감시하고자 하는 질병의 전구 증상의 발생 양상을 감시하여 질병의 대량 발생을 최종 진단 내지는 확진이 내려지기 이전에 질병의 발생을 조기에 인지하는 방법으로 이에 따른 이환율 및 사망률을 낮추는데 그 목적이 있다.

고전적인 감시체계(traditional surveillance system)는 의사에 의한 의심 혹은 확진 사례나 임상병리 검사 결과상 확진 사례의 보고를 통하여 감시대상 질병의 발생양상을 감시하는 체계임에 비해 증후군 감시체계는 감시 대상 질병의 발생 자체를 감시하는 것이 아니라 질병 발생 초기에 나타날 수 있는 여러가지 비특이적인 전구증상(prodrome)의 발생양상을 감시하여 질병의 발생을 가능한 조기에 인지하고자 하는 체계이다.


인플루엔자(Influenza)
: 독감, 다양한 인플루엔자 바이러스에 의해 일어나는 질환의 총칭으로 일반적인 계절성 인플루엔자는 감기와 비슷한 증상을 보이며 위험성도 높지 않으나, 변종 바이러스 중 높은 전염성과 치사성을 가진 경우가 있다. 1918년에 발생한 Spanish flu pandemic은 Influenza A virus의 아종 H1N1에 의한 것으로, 2년 동안 치사율 2~20%에 사망자 4천만~1억명을 기록하여 인류 역사상 가장 짧은 시간 동안 가장 많은 사망자를 낸 재해(disaster)가 되었다.(중복되는 시기에 일어난 1차 세계대전의 사망자는 약 2천만명) 출처: 무다리 연구실

조류독감(Avian influenza): 조류에게 발생하는 인플루엔자의 총칭으로 일반적인 AI 바이러스는 대인 전염력이 극도로 낮거나 아예 없지만, 바이러스의 변종이 인간에게 감염되어 생겨난 epidemic이 몇 번 있었으며 Spanish flu의 정체도 조류 인플루엔자가 아닐까 의심되고 있다. 현 시점에서 새로운 pandemic을 일으킬 위험이 가장 높은 질병으로 알려져 있음. 출처: 무다리 연구실

  • Web Queries as a Source for Syndromic Surveillance - 검색 질의어를 통한 증후군 감시
  • Infodemilogy: Tracking Flu-Related Searches on the Web for Syndromic Surveillance - (Informatics + epidemiology의 합성어인듯,, 즉,) 정보역학??: 증후군 감시를 위한 독감 관련 검색어 추적
  • Detecting influenza epidemics using search engine query data - 검색어를 이용한 독감 유행 감지
  • Analysis of Web Access Logs for Surveillance of Influenza - 독감 감시를 위한 웹 로그 분석
이제 모든 방법들은 고전이 되어 버리는것 같다. 전염병도 이제 사람이 실제 걸려서 이를 역학과 감시를 통해 알아내는 것이 아니라 웹으로 알아내는 시대가 오고 있으니 말이다. 지금 추세는 구글과 같은 대형 검색엔진의 검색어나 질병에 관련된 포털의 검색어를 통해서 이러한 일련의 연구들이 진행되고 있다.

국내에서는 네이버, 다음, 야후 코리아의 포털 검색엔진 + 헬스로그질병관리본부 등의 건강/질병 관련 포털의 검색어 로그 데이터만 얻는다면 재미있는 결과가 나올 수 있을것 같다. 질병관리본부는 어떻게 데이터를 얻을 수 있는데,, 포털의 경우는 어쩐담,,?? 암튼 많이 제한적이긴 하지만 할 수 있는 만큼만 ^^, 독감과 관련된 검색어를 선정하고, 각 검색어의 추이를 실제 독감 발생과 비교해서 살펴보도록 하자.

Naver 연관 검색어
네이버의 연관검색을 통한 '독감'의 연관 검색어

flu

구글 트렌드로 본 '인플루엔자', '감기', 'flu', '치료약'의 검색 추이

독감
다음 트렌드로 본 '독감', '감기'. '인플루엔자' 검색 추이

다음에서는 2009년 1월 초, 2008년도 11월 중순, 10월 말에 눈에 띄게 튄다. 그럼 실제 질병관리본부에서 그동안 제공한 인플루엔자 정보와 연관지어 한번 살펴보자. <-이건 다음번 포스팅에서

Posted by hongiiv

2009/03/01 14:58 2009/03/01 14:58
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다음 모바일 지도

오늘 다음 지도 서비스가 아이팟, 아이폰용 모바일 버전으로 나왔습니다. 기존의 구글맵이 국내 서비스가 되지 않는 단점이 있었는데, 다음 모바일 지도는 로드뷰까지 완전 통합하고, 대중교통까지도 완전히 대박입니다. papers와 함께 다음 모바일 지도는 제 아이폰의 킬러애플리케이션으로 ^^;;

Daum 지도 모바일
로드뷰로 본 우리집 골목,,, 저 골목으로 쏙 들어가면 집이 나옵니다. ^^;; 터치로 쿡쿡 눌러가면서 로드뷰를 보는 재미가 솔솔하네요 ^^

Daum 지도 모바일
서울역에서 집까지는 701번 버스를

Daum 지도 모바일
상세한 버스 경로도...

Daum 지도 모바일
스카이뷰화면에서 로드뷰 카메라를 도로에 톡 올려놓으면 로드뷰로~~

현재 GPS 기능이 되지 않는데,, 조만간 아이폰 3G가 국내에만 출시된다면,,, 무한한 가능성이 보이네요.

Posted by hongiiv

2009/02/27 23:44 2009/02/27 23:44
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아이폰에서 논문을 papers for iphone

몇일전 papers를 업그레이드 한 후 아이폰용 papers가 나온걸 알고는 구매했다는 글을 쓴적이 있습니다. 여기 잠시 스크린샷 추가합니다.

papers
맥 papers와 아이폰 동기화 중인 모습입니다.

photo.jpg
Papers에서 라이브러리를 선택하면 데스크탑과 동일한 논문의 목록이 보여집니다. 맨 첫논문은 바로 이전 포스팅했던 구글의 네이처 논문 ^^

photo.jpg
손가락으로 줌 인/아웃 가능하고요

photo.jpg
옆으로 기울이면,, 요렇게도 볼 수 있고요.

Papers for iphone
저자나 저널별로도 볼 수 있습니다.

이제 아이폰/아이팟터치로 논문을 보자구요 ^^;;

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2009/02/27 17:16 2009/02/27 17:16
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원더걸스냐? 소녀시대냐? 순위 예측하기

오늘,,아니 어제군요,, "구글님은 독감 창궐도 예견하신다"라는 글을 보았습니다. 구글에서 나온 네이처 논문에 대한 글인데, 간단히 요약하자면 구글에서 지난 몇년간 독감에 관련된 검색어와 실제 CDC에서 발표하는 독감 정보를 가지고 예측 모형을 만들었는데 그게 맞는다는 것이었습니다.

그래서 과연 이것이 국내에서도 먹힐 것인가?에 대해서 간단히 살펴봣습니다. 우선 Google Trends에서 소녀시대와 원더걸스의 검색어 추이와 SBS에서 제공하는 가요순위를 두 그룹이 동시에 활동한 시기인 2007년 11월 부터 2008년 6월 까지만 살펴봤습니다.

언뜻 보더라도 각 그룹의 검색어 추이와 실제 가요순위 추이가 같은걸 볼 수 있습니다. 이로써 간단하게나마 구글 트렌드를 통해서 가요순위도 예측할 수 있는 모형을 만들 수 있을 수도 있다는 생각이 드는군요 ^^;; 한번 딥하게 해봐 -.-;;

원더걸스

그럼 각 그룹의 이름과 함께 순위에 영향을 줄만한 높은 상관 관계를 가지는 멤버(검색어)는 누굴 정할 수 있을까요?

원더걸스
원더걸스의 경우 소희 정도가 상관관계가 있는 검색어,,,

소녀시대,원더걸스
소녀시대의 경우 태연, 티파니, 수영(이건 소녀시대 수영이 아니라 swimming -.- 여름철에 뛰는 걸 보면), 윤아 정도인데,, 수영은 아무래도...

저런식으로 높은 상관 관계를 가지는 단어를 뽑고 가중치를 만들어서 순위 예측 모형을 만들면 되곘군요, 갑자기 검색회사가 갖고 싶어졌다.

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2009/02/27 01:23 2009/02/27 01:23
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BioBlogRSS 업데이트

그동안 BioBlogRSS에 등록된 블로그의 feed 중에 피드버너를 사용하는 블로그들의 글이 업데이트가 원활히 되고 있지 않은 문제가 있었습니다. -해결 ^^;;

BIoBlogRSS(설치방법은 여기를 참고) 를 블로그나 홈페이지에 삽입하는 위젯에서 추천글 순으로 보여주는데, 추천을 잘 안해서 몇개월간 1위가 부동의 자리를 잡고 있는 문제점이 있어서 최근글 순서로 보여주도록 했습니다. - 해결 ^^;;

New BioBlogRSS
최근글 순서대로 보여주도록....

새로운 블로그 Biogeeks를 추가했습니다.

이상 3가지 자잘한 문제점을 해결했습니다. 많은 관심 부탁드립니다. -.-;;ㅅ

Posted by hongiiv

2009/02/26 21:18 2009/02/26 21:18
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유전자 검사 - SNS로 가다

23andMe의 서비스를 보고 있자면, 질병예측이나 개인 맞춤 의학과는 거리가 먼 싸이월드가 생각납니다. 자~ 그럼 한번 살펴보도록 하겠습니다.

23andMe
23andMe에서 제공하는 주요 서비스는 건강과 특징, 조상찾기, 공유와 커뮤니티 입니다.

Health and Traits
유전자 검사에서 가장 핵심적인 서비스겠죠, 여기서는 임상 결과로 나온 꽤 신뢰성이 있는 결과로 눈의 색, 귀지타입, 제1/2당뇨, 유방/난소암 등 27개를 제공하고 있으며, 논문등의 연구결과만으로 검증된 75개의 결과를 자신의 유전자 검사 결과와 매칭 해 볼 수 있습니다.

Picture 5

Ancestry
이부분은 자신이 어느 인종에 가까운지에 대한 global similarity를 지도와 2차원 그래프를 통해서 보여주고 있습니다.

Picture 6

Sharing and Community
이 부분이 SNS와 무궁화 결합 가능성이 있는 부분입니다. 아무리 봐도 이 부분은 싸이월드에 들어가 있어야 할 서비스인것만 같은 서비스인거죠. 아래 그림은 외모, 인내력, 서캐디언리듬과 같은 것들이 나와 내친구(유전자를 공유하기로 한)간에 얼마나 유사한지를 보여줍니다.

이걸 조금만 확장한다면, 유명 연예인(스포츠, 연기, 개그, 가수 등등)을 검사한 후 이러한 유사성을 보여주거나(나는 가수와 더 유사하니 나중에 가수나 할까??), 팬 클럽 가입시 당사자와 몇 % 이상 유전자가 유사해야 가입한다거나, 외모가 몇 %이상 유사한 사람끼리 동호회를 결성한다거나 하는 등의 이상한 짓들을 통해서 Social 그룹이 결성되고 활동하게 독려?하거나... 하는 등의 말입니다. -.-;; 자 이제 싸이월드에서 DNA 검사 킷을 판매하게 될지도,,,

23andMe
S로 시작하는 분은 중국(미국에 거주하는)분인데 외모가 중국인과 가장 유사하다고 나오는군요 ^^;; (참고: 동아시아 민족의 유전적 관계)

또 하나 재미있는 것은 가족의 족보(물론 외국에서는 유전자 검사를 기반으로 실제 서비스하는 곳이 있습니다 - 미토콘드리아 DNA를 이용한,,,)를 만들 수 있다는 것입니다. 23andMe는 할아버지와 할머니로 부터 유전적으로 얼만큼을 물려 받았는지를 볼 수 있다는 것입니다.

아래는 샘플로 제공하는 멘델 가족으로 첫째 아들 Ian은 할아버지 보다는 할머니로 부터 많은 외형적인 면을 물려 받았다고 나옵니다. 그러나 또다른 아들인 Alan은 할아버지를 더 닮았고 나옵니다.

23andMe
Ian은 할머니를 더 닮고,,,

23andMe
Alan은 할아버지를 더 닮고,,,

자 그럼 싸이월드에서 만납시다.... ^^;;

Posted by hongiiv

2009/02/25 22:00 2009/02/25 22:00
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