추가해두면 좋을 wsdl 목록

Taverna에 없는 유용한 WSDL들
http://phoebus.cs.man.ac.uk:1977/axis/services http://192.168.100.205:8080/JAX-WS20Project/runNCBIBlast?wsdl
http://xml.nig.ac.jp/wsdl/Blast.wsdl
http://phoebus.cs.man.ac.uk:8081/axis/EnsemblListner.jws?wsdl

WorkFlow 파일들이 쌓인곳
http://www.cs.man.ac.uk/~fisherp/workflows.html

example0-\n\n)
import java.util.*;

StringTokenizer = tk = new StringTokenizer(input,">");
int tkCount = tk.countTokens();

String output="";

for(i=0; i < tkCount ; i++){
output = output + ">" + tk.nextToken() + "\n";
}

example1)
String[] split = input.split("\n");
Vector nonEmpty = new Vector();

for (int i = 0; i < split.length; i++)
{       
    String trimmed = split[i].trim();
    String[] trimmedSplit = trimmed.split("\t");
    if (trimmedSplit.length == 2)
    {
        nonEmpty.add(trimmedSplit[1].trim());   
    }
}

String output = "";

for (int i = 0; i < nonEmpty.size(); i++)
{
    output = output + (String) (nonEmpty.elementAt(i) + "\n");
}

example2)
import java.util.*;

public class TokenEx {

 
 public static void main(String[] args) {
 
  String str = "홍길동\\한양대학교\\비행청소년";
  StringTokenizer  tokenizer = new StringTokenizer(str,"\\");
 
  int tokenCount = tokenizer.countTokens();
  //System.out.println(tokenCount);
 
  String[] arr = new String[tokenCount];
 
  int i = 0;
  while(tokenizer.hasMoreTokens() == true){
   
   arr[i] = tokenizer.nextToken();
   System.out.println(arr[i]);
   i++;
   
  }

 }

}

Posted by hongiiv

2007/08/21 15:47 2007/08/21 15:47
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Blast Result 비교

Blast Web Service를 제공하는 DDBJ, EBI와 내가 만든 Blast의 총 3개에 대하여 blastp, swissprot 데이터베이스, 서열(>gi|2501594|sp|Q57997|Y577_METJA PROTEIN MJ0577)에 대해서 Blast를 수행한 결과입니다. 결과는 당연히 똑같아야 하겠지만, Blast의 버전이 제가 2.2.14 버전으로 좀 낮고 swissprot데이터베이스는 DDBJ가 좀 틀리네요 ^^
각각의 Blast 결과를 보시려면 more를 클릭하세요^^;;

more..



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2007/08/08 13:32 2007/08/08 13:32
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Sample protein sequence

>gi|2501594|sp|Q57997|Y577_METJA PROTEIN MJ0577 MSVMYKKILYPTDFSETAEIALKHVKAFKTLKAEEVILLHVIDEREIKKRDIFSLLLGVAGLNKSVEEFE NELKNKLTEEAKNKMENIKKELEDVGFKVKDIIVVGIPHEEIVKIAEDEGVDIIIMGSHGKTNLKEILLG SVTENVIKKSNKPVLVVKRKNS

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2007/07/30 14:29 2007/07/30 14:29
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papers 할인 쿠폰 도착

I am a student could I get a discount?를 보면 학생임을 확인할 수 있는 학생증이나 기타등등을 보내면 40% 할인 쿠폰을 보내준다고 했다. 나도 엄연한 학생이기 때문에 학생증(물론 한글로 된)을 스캔해서 보냈더니 떡하니 할인 코드가 날아왔다. 얼렁 구매해야지..

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2007/07/18 17:50 2007/07/18 17:50
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WorkFlow 관련 논문입니다.

Taverna: a tool for building and running workflows of services
Exploring Williams-Beuren syndrome using myGrid

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2007/07/18 10:27 2007/07/18 10:27
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실험을 공유합시다.


영국에서는 e-Biologist를 위해 Grid, Web Services, Semantic Web을 통한 myGrid라는 workbench서비스를 제공하고 있다.

myGrid 프로젝트중 Taverna라는 Open Source로 진행되는 workflow 툴이 있는데, 여기서 더 나아가 myExperiment를 통해 workflow를 공유하고 발전시키려는 프로젝트를 진행하고 있다.


Posted by hongiiv

2007/07/02 13:32 2007/07/02 13:32
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Bioinformatics

Bioinformatics journal
Impact Factor : 6.019

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2007/06/20 19:38 2007/06/20 19:38
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