Search Results for 'Linux'


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  1. 2009/07/30 How to install BioSMACK by hongiiv (6)
  2. 2008/04/21 대규모 이미지 처리를 위한 리눅스 클러스터와 Java의 궁합은?? by hongiiv (5)
  3. 2008/01/22 국내 리눅스 배포본 ginux, 지눅스 by hongiiv (7)
  4. 2007/07/06 파일내 문자열 검색하기 by hongiiv
  5. 2007/05/02 ncbi toolkit의 ppc에서의 컴파일 문제 by hongiiv
  6. 2007/02/07 RPM 패키징하기 by hongiiv
  7. 2007/02/02 Fedora Third Party YUM Repositories by hongiiv
  8. 2007/02/02 socmaster 서버 DB업그레이드 by hongiiv (1)
  9. 2006/11/08 tripwire를 써보자!! by hongiiv
  10. 2006/11/08 named by hongiiv (2)
  11. 2006/08/02 RedHat AS 4에서의 ACPI 문제 by hongiiv
  12. 2006/07/21 Itanium® 리눅스에서 "floating-point assist fault" 메세지는? by hongiiv (1)
  13. 2006/07/05 flock & flickr & tattertools - 3박자 by hongiiv
  14. 2006/07/04 RedHat 7.3 & yum 업데이트 by hongiiv (2)
  15. 2006/06/30 맑은고딕 & subpixel rendering patch 적용 by hongiiv (4)
  16. 2006/06/30 ubuntu에서 xgl 사용하기 by hongiiv (2)
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How to install BioSMACK

  • Posted at 2009/07/30 15:45
  • Filed under Linux
BioSMACK 설치하기
BioSMACK은 바이오인포매틱스 관련 툴들을 미리 컴파일하여 설치해 놓은 운영체제로 각종 툴 뿐만 아니라 GWA 분석 과정에 대해서 매뉴얼을 작성하여 손쉽게 연구에 사용할 수 있도록 해놓은 우분투 리눅스 기반 운영체제입니다.

설치과정은 이미지 파일(ISO 확장자)을 다운로드 하고 이를 시디 또는 USB 메모리에 이미지를 넣은 후 기존의 컴퓨터로 부팅하여 사용하시면 됩니다.

1. BioSMACK 이미지 다운로드
현재 개발중인 버전으로 지금 배포되는 버전은 알파버전입니다. 여기를 눌러서 다운로드 하세요. 꼭 바이오 연구자들만 아니라 일반인들도 사용가능합니다. 몇몇 프로그램이 설치된 것외에는  Ubuntu 9.04와 동일합니다.

2. BioSMACK 시디 만들기
다운로드 한 iso 이미지 파일은 네로와 같은 프로그램을 이용해서 손쉽게 시디로 구울 수 있습니다. 또는 Ultra ISO를 이용하시면 손쉽게 이미지 파일을 시디로 옮길 수 있습니다.

3. BioSMACK USB 만들기
시디가 아닌 USB로 만들기 위해서는 unetbootin을 이용하시면 됩니다. 우선 1GB 이상의 USB 메모리를 준비하시고 노트북이나 데스크탑의 USB 포트에 메모리를 삽입합니다.

unebootin을 실행한 후 Diskimage를 선택하시고 다운로드한 BioSMACK 이미지 파일을 선택합니다. 그리고 마지막 하단에 삽입한 USB 드라이브를 선택해 주시면 해당 USB 드라이브에 BioSMACK이 쓰여지게 됩니다. 이때 시간이 좀 걸릴 수 있으니 느긋하게 기다려 주세요.

Picture 8

4. 컴퓨터 셋업
이제 부팅이 가능한 시디 또는 USB 메모리가 만들어졌습니다. 이제 자신의 컴퓨터가 시디 또는 USB로 먼저 부팅이 될 수 있도록 설정해야 합니다. 컴퓨터에 전원을 넣은 후 바로  F1, F2, DEL키(컴퓨터에 따라 다름)를 눌러 부팅 우선 순위(boot order) USB 또는 CD를 맨 상단에 위치하도록 합니다.

5. 부팅하기
unebootin을 사용해서 만든 USB로 부팅을 했다면 잠시 기다리면 바로 USB로 부팅이 됩니다. 시디로 부팅을 하셨다면 엔터만 두번 쳐 주시면 시디로 부팅이 됩니다. 이때 기존의 하드디스크에 있는 내용은 절대 지워지지 않으니 염려 하지 않으셔도 됩니다.

6. 사용하기
부팅이 완료되면 다음과 같은 초기 화면이 나오거나 에러 메세지 박스가 뜨는 경우가 있습니다. 에러메세지 박스의 경우 Delete를 선택하시면 됩니다.

Screenshot

상단에는 홈버튼과 현재 실행중인 프로그램의 목록들이 나타납니다. 화면 왼쪽에는 현재 설치된 프로그램의 목록들이 나타나며, Favorites 메뉴에는 BioSMACK을 실행하기 위한 아이콘들이 있습니다. 첫번째 아이콘인 Launcher for BioSMACK을 실행하면 각 툴들을 실행할 수 있는 런처가 실행됩니다.

Screenshot

이제 각 버튼을 눌러서 해당 프로그램과 매뉴얼을 보시면 됩니다. USB나 시디로 부팅해서 프로그램을 실행하는 경우 디스크 용량 문제나 실행속도가 느립니다. 이때에는 직접 하드디스크에 설치하셔서 사용하시면 됩니다.

BioSMACK에서는 maxius라는 프로그램에 의해서 기본적으로 프로그램을 실행하면 전체화면으로 실행해서 보여주게 되어있습니다. 간혹 자바 프로그램(BioSMACK 런처, Haploview  등)의 경우 프로그램을 실행하면 아무것도 보이지 않은 경우가 있습니다. 이때에는 상단의 메뉴바에 마우스 오른쪽 버튼을 눌러 Unmaximize를 선택하시면 됩니다.

Screenshot-3

7. 설치하기
시디나 USB가 아니라 직접 하드디스크에 설치하시려면 우측의 Desktop을 클릭하신 후  Install을 클릭하셔서 설치를 진행하시면 하드디스크에 설치가 됩니다.

Screenshot3

9. 설치된 프로그램과 예제 데이터
현재 BioSMACK에 설치된 프로그램은 plink, Eigensoft, Haploview, Structure, Metal, R-package가 설치되어 있습니다. 각 프로그램은 /software 폴더에 있으며, 예제 데이터는 /software/example_data에 있습니다.

10. 인터넷 연결하기
무선인터넷에 연결하기 위해서 오른쪽 상단의 WIFI를 선택하면 연결 가능한 무선 AP들이 보입니다. 그럼 그 중 하나를 선택해서 연결하시면 됩니다.

Screenshot-2


Posted by hongiiv

2009/07/30 15:45 2009/07/30 15:45
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대규모 이미지 처리를 위한 리눅스 클러스터와 Java의 궁합은??

  • Posted at 2008/04/21 15:39
  • Filed under Linux
일전에 저는 MySQL 데이터베이스로 부터 대규모의 이미지를 생성하려고, 윈도우상에서 Java 코드를 작성했습니다. 이 Java 코드는 Frame안에 Panel을 만들고, DB에서 좌표값을 받아와서 이 Panel안에 그림을 그리게 됩니다. 이렇게 만들어진 Java Frame을 통째로 이미지 파일로 만드는 아주 간단한 코드입니다.

//Java 프레임을 만듭니다.
Frame f = new Frame("Frame");
f.setBounds(0, 0, 400, 400);
f.setTitle("Component Testing");

//노란색 패널을 만듭니다.
JPanel BasePanel = new JPanel();
BasePanel.setLayout(null);
BasePanel.setBounds(0, 0, 400, 400);
BasePanel.setBackground(Color.yellow);

//프레임에 패널을 착 붙이고, 보여줍니다.
f.add(BasePanel);
f.setVisible(true);

//2D 그래픽 객체에 패널을 내용을 구겨 넣고, 이를 hello.png에 출력합니다.
BufferedImage image = new BufferedImage(350, 350,BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
Graphics2D g = image.createGraphics();
BasePanel.paint(g);

try{
ImageIO.write(image,"png",new File("hello.png"));
}catch(Exception e){}

이젠 이 코드를 90여대의 리눅스 클러스터에서 실행하기 위해 각각의 노드(90여대의 클러스터를 이루는 1대의 컴퓨터)에 적당히 일을 나누어 주고 실행하면 엄청난 양의 이미지를 빠르게 만들어 낼 수 있게 된다는 즐거운 마음으로 코드를 실행했는데, 그만 각 클러스터의 노드들이 에러를 내뱉으면서 실행을 거부를 해버리는 상황이 발생했습니다. 물론 콘솔상에서입니다.

K-20080421-581088
나 에러 나온 콘솔이야~

그 이유는 Java의 그래픽 관련 코드를 실행하기 위해서는 리눅스의 GUI 환경인 X 상에서 실행이 되어야 하기 때문이었습니다. 따라서 X가 설치되어 있지 않은 리눅스 클러스터의 노드들에서는 당연히 에러가 발생하게 되고 PBS나 LoadLeveler와 같은 배치 작업을 수행할 수도 없는 상황이 벌어지게 된것입니다.

"자바코드 + PBS(배치스크립트) = 대량의 이미지 파일 생성"의 꿈이 휙하니 날아가버리는 소리가 ㅜㅜ 분산된 각각의 컴퓨터 노드에서 Java의 그래픽을 사용할 수 있는 방법은 우선 뭐가 되었던지 X 가 가능해야 합니다. 그런 후 리눅스의 DISPLAY를 적절히 사용해서 Java를 실행해야 한다는 소린데,,, 이것 때문에 머리가 좀...

참고 : Using Headless Mode in the Java SE Platform
         HeadlessException in JComponent.paint() when java.awt.headless=true

물론 awt를 쓰지 않고 그래픽을 객체를 생성하고 이미지 파일을 만드는 작업은 -Djava.awt.headless=true 옵션을 통해서 가능한데, Frame이나 Panel등이 나오기만 하면 안되니,,, 누가 Java를 Write once Run anywhere(맞나??)라고 했던가...


Posted by hongiiv

2008/04/21 15:39 2008/04/21 15:39
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국내 리눅스 배포본 ginux, 지눅스

  • Posted at 2008/01/22 13:31
  • Filed under Linux
이전 포스팅에서 "국내 리눅스 배포본" 이라는 글을 쓴적이 있습니다. 혼자서 국내 리눅스 배포본이 어떤것들이 있는지 한번 주욱 리스팅 해봤었는데,, 이제 거기에 SK C&C에서 만든 ginux를 하나더 추가해야 할것 같군요 ^^

AnNyung 리눅스, SULinux, igetlinux, hansoft asianux, 와우리눅스, 눅스원 2.1 마루 등을 언급했었는데,, 물론 지금도 존재하는 어떻게 운영되는지는 모릅니다. ^^ 한번 주욱 다시 정리해 봅니다.

AnNyung 리눅스
소개말 : 안녕은 OOPS Development Organization 의 이름으로 배포를 하는 리눅스 배포본 입니다. AnNyung(안녕) 은 너무나 비대해진 RedHat 배포본에 좌절하여, 가볍고 한글환경의 설정에 최적화를 한 Mini Redhat 이라고 할 수 있습니다.
주) 안녕리눅스는 현재 1.3R4버전이 최신 버전으로 김정균씨가 너무 비대해진 레드햇을 최적화했다고 합니다.
홈페이지 : http://annyung.oops.org

SULinux
소개말 : SULinux는 리눅스포털(www.superuser.co.kr)을 수년간 운영하면서 회원분들의 불편사항 및 개선점을 최대한 반영하여 제작된 리눅스 배포판 입니다.
주) 현재 SULinux 1.5 Server버전이 있으며, 비교적 최근에 발표된 배포본으로 SSU라는 서버관리 유틸리티를 내장하고 있다는데, 물론 업데이트 지원을 하고 있습니다. 아직 써보진 않았지만, 개인적으로 안녕리눅스 다음으로 꽤 구미가 당기는 배포본입니다.
홈페이지 : http://www.sulinux.net

igetlinux
소개말 : 부요(Booyo)기반의 한국 표준형 서버용 리눅스 운영체제 입니다. i386 및 x86_64 bit 컴퓨팅 환경을 지원 합니다.
주) 말도 많고 탈도 많은(?) 부요표준을 준수한 리눅스로 서버버전과 데스크탑의 버전이 있는데, 서버버전은 이바지(e-bazy)라는 이름으로 배포되고 있습니다. 현재 e-bazy 2005 Server R2버전이 있습니다.
홈페이지 : http://www.linuxcenter.co.kr/main/

hansoft asianux
아시아눅스서버
소개말 : 한글과컴퓨터 아시아눅스 서버 2.0은 Asianux 2.0 엔진기반의 글로벌리눅스입니다. 한글과컴퓨터 아시아눅스 서버 2.0은 한·중·일 공동개발사에 의해서 개발된 Asianux 2.0을 엔진으로 하여 보안성 및 활용성을 강화하고 국내 환경에 맞게 제작된 글로벌 리눅스입니다. Oracle, HP, IBM, EMC, Samsung, Uniwide등을 비롯한 국내외의 H/W, S/W 인증을 통하여 보다 폭넓고 안정화된 시스템을 구축할 수 있습니다.
주) 위의 소개글은 2.0 기준인데 현재 Asianux server 3 버전이 나온 상태이다. 한/중/일 아시아 3개국에서 개발한 아시아눅스2.0 엔진을 탑재했다는데~ 유럽은 수세(suse), 아메리카는(redhat), 아시아는 아시아눅스(?) 라는데~
홈페이지 : http://www.haansoftlinux.com/

와우리눅스 스탠더드 서버 1.2
주) 불과 몇년전만 하더라도 꽤 많은 인기를 끌어던(?)것 같던데 요즘은 어떻게 돌아가는건지 잘모르겠다. 암튼 나오긴 나오고 있다.
홈페이지 : http://www.wowlinux.com
홈페이지도 없어지고,, 이상하다*.*


눅스원 2.1 마루
주) 대대적인 물량공세(?) 이벤트를 통한 무료배송의 필살기를 쓰고 있는 ^^;;
홈페이지 : http://www.linuxone.co.kr

그리고 하나더

GINUX
소개말 : 지눅스는 SK C&C가 대한민국 린구스 표준 플랫폼인 부요를 기반으로 하여 서버용으로 개발한 순수 국산 리눅스 운영체제 입니다. 'GINUX'는 Grid와 Linux의 합성어로 Realtime IT 환경에서 고객에게 최적의 솔루션을 제공하고자 하는 SK C&C의 강한 의지를 담고 있습니다.

주) 홈페이지에서 회원 가입을 하면 배포본을 다운로드 할 수 있습니다. 현재 1.0 버전은 GPL라이센스 정책에 의해 상업용으로 재배포를 금지하고 있습니다.
32, 64 bit와 소스를 다운로드 할 수 있도록 하고있습니다. 물론 X86용이겠죠 ^^
홈페이지 : http://www.ginux.co.kr

ginux

Posted by hongiiv

2008/01/22 13:31 2008/01/22 13:31
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파일내 문자열 검색하기

  • Posted at 2007/07/06 14:22
  • Filed under Linux
DB 서버의 IP가 바뀌는 바람에 모든 웹 어플리케이션의 JDBC드라이버의 IP정보를 변경해야 한다.
우띠...
# find . -name "*" -print | xargs egrep -rnI "192.168.103"
./properties/jdbc.properties:2:jdbc.url=jdbc:oracle:thin:@192
.168.103.40:1521:pubdb
./properties/jdbc.properties:2:jdbc.url=jdbc:oracle:thin:@192.168.103.40 :1521:pubdb
./utils/dbtool.properties:4:KOBRA.db.export.url         = jdbc:oracle:thin:@192.168.103.40:1521:pubdb
./utils/dbtool.properties:4:KOBRA.db.export.url         = jdbc:oracle:thin:@192.168.103.40:1521:pubdb


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2007/07/06 14:22 2007/07/06 14:22
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ncbi toolkit의 ppc에서의 컴파일 문제

  • Posted at 2007/05/02 15:25
  • Filed under Linux
blast를 사용하기 위해 ncbi에서 제공하는 toolkit을 설치하다가 깜딱 놀랐다. 설치 과정중에 수행되는 스크립트가 gcc를 사용하지 않고 xlc_r을 사용하는게 아닌가?? 이 놈의 머신이 IBM PowerPC라서 머신을 체크하다가 그냥 AIX라고 생각하고 xlc_r을 ㅠㅠ;; 버그 리포트라도 해야 하나? 다시 한번 드는 생각이지만, 그냥 x86머신을 사용하는 좋단 말이지...

ppc와 ppc64의 차이로 인해 이런일이 일어나다니...

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2007/05/02 15:25 2007/05/02 15:25
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RPM 패키징하기

  • Posted at 2007/02/07 10:58
  • Filed under Linux
- 알아두면 편리한 경로 변수들 %{buildroot} 빌드경로
%{_bindir} /usr/bin
%{_libdir} /usr/lib
%{_includedir} /usr/include
%{_sbindir} /usr/sbin
%{_mandir} /usr/share/man
%{_docdir} /usr/share/doc
%{_sysconfdir} /etc
%{_tmppath} /var/tmp

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2007/02/07 10:58 2007/02/07 10:58
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Fedora Third Party YUM Repositories

  • Posted at 2007/02/02 16:09
  • Filed under Linux
Fedora Third Party YUM Repositories
  • DAG - http://dag.wieers.com/home-made/apt/
  • Dries - http://dries.ulyssis.org/rpm/
  • FreshRPMS - http://freshrpms.net/
  • NewRPMS - http://newrpms.sunsite.dk/
  • ATrpms - http://atrpms.net/
  • Nrpms - http://nrpms.net/
  • Planet CCRMA - http://ccrma.stanford.edu/planetccrma/software/
  • Livna - http://rpm.livna.org/
  • JPackage - http://jpackage.org/

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2007/02/02 16:09 2007/02/02 16:09
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socmaster 서버 DB업그레이드

  • Posted at 2007/02/02 11:18
  • Filed under Linux
socmaster 서버의 DB와 기타 여러가지들이 업그레이드가 되었다. 테스트겸 글 남겨봅니다. 1G까지 업로드도 허용되서 큰파일들도 척척 잘올라가고 ^^ 글 잘보이는거 보면 DB관련 해서 문제도 없어보이고. jachin옹 수고하셨습니다. ^^

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2007/02/02 11:18 2007/02/02 11:18
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tripwire를 써보자!!

  • Posted at 2006/11/08 13:32
  • Filed under Linux
이제는 웹 서버 하나를 돌리는데도 보안성 검토부터 시작해서 많은 제약(?)이 따르게 된다. 하나의 서비스를 위해 필요한 것들이 무엇인지 심각하게 고민해봐야 할 문제이다.

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2006/11/08 13:32 2006/11/08 13:32
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named

  • Posted at 2006/11/08 13:30
  • Filed under Linux
RedHat의 up2date를 이용해서 named를 업데이트 해버렸더니 작동이 되지 않았다.
/etc/rndc.key
/etc/named.conf
키값들을 맞추어 줘야 한다구~~!!!!

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2006/11/08 13:30 2006/11/08 13:30
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RedHat AS 4에서의 ACPI 문제

  • Posted at 2006/08/02 15:34
  • Filed under Linux
HP의 rx2620, rx4640 하드웨어에 AS 4 를 인스톨 한 후 엑스윈도우를 실행하면 시스템이 먹통이 되는 현상이 일어났다. 레드햇에 문의해보니 커널 파라메터로 pci=noacpi를 주고 수행하여 IRQ routing이나 PCI scanning 수행시 ACPI를 사용하지 말라고 했다. 다른 하드웨어에서도 종종 발생되는 문제라고 한다.

/boot/efi/efi/redhat 에 있는 elilo.conf 에
위와 같이 append부분에 pci=noacpi를 넣어준다.

그런데 안돼더라구요. 다시 물어보기도 머해서 구글링을 좀 해봤더니
위와 같이 append부분에 acpi=off와 noapci를 넣어주니 커널패닉없이 잘 동작하더군요.

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2006/08/02 15:34 2006/08/02 15:34
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Itanium® 리눅스에서 "floating-point assist fault" 메세지는?

  • Posted at 2006/07/21 14:13
  • Filed under Linux
리눅스 콘솔 또는 /var/log/messages를 보면은 다음과 같은 메세지를 보게된다.
이 메세지는 프로세스 id가 14511인 R.bin 소프트웨어가 프로그램이 부동소수 연산(floating-point operation)을 수행한다는 의미이다. 아이테니움에서 IEEE denormals 수행시 종종 발생한다. 이러한 연산은 커널에서 어뮬레이트해주기 때문에 정확성의 관점에서 걱정할 필요가 없다. 이러한 연산시 어뮬레이팅 연산 시간과 프로그램을 느리게 한다. 대부분의 프로그램은 모든 IEEE-compliance를 필요로하지 않는다. 아이테니움 리눅스는 프로세서에서 "flush-to-zero" 모드를 지원한다. 이 모드를 사용하기 위해서는 다음의 코드 조각을 사용하면 된다.
또 다른 방법으로는 컴파일러 옵션으로 -ffast-math 를 사용하면 같은 효과를 얻을 수 있다. 예를 들면 다음과 같다. "test" 프로그램을 flush-to-zero 모드를 켜고 빌드한다.

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2006/07/21 14:13 2006/07/21 14:13
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flock & flickr & tattertools - 3박자

  • Posted at 2006/07/05 15:02
  • Filed under Linux
flock & flickr & tattertools
flock는 모질라를 기반으로 하는 firefox의 아류작이 아니었다. Web 2.0에 대한 확실한 모범답안을 보여주고 있다. 또한 충실하게 이를 뒷받침해주고 있는 flickr를 보면 언제쯤 우리나라도 이런 조합이 가능할까 라는 생각을 해본다. 위의 스샷은 flock의 포토 업로드 기능을 통해 flickr에 사진을 업로드하고 이를 photo stream으로 보면서 태더툴즈에서 photo stream의 사진을 드래그하여 글을 작성하는 모습이다. 이 얼마나 협조적(?)인가!!

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2006/07/05 15:02 2006/07/05 15:02
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RedHat 7.3 & yum 업데이트

  • Posted at 2006/07/04 10:22
  • Filed under Linux
현재 RedHat 7.3 버전은 Yum을 통한 업데이트가 가능하다. 아직까지 국내에서 7.3버전을 많이 사용하는것으로 알고 있다. 나또한 4대의 서버에서 7.3버전을 사용하고 있다. 커널버전은 2.4.18-3을 사용하고 있는데 Yum을 통해서 업데이트를 진행해 보도록 한다.

1)우선 Yum을 설치한다. 기본적으로 7.3버전대에서는 Yum 패키지가 없었던 관계로 설치를 해야만 한다.
다음의 사이트를 참고해서 Redhat 7.3에 맞는 Yum 클라이언트를 설치한다.
http://linux.lsu.edu/yum.php
2)Yum에서 사용할 respository를 /etc/yum.conf에 지정해 준다.
[quote][main]
cachedir=/var/cache/yum
debuglevel=2
logfile=/var/log/yum.log
pkgpolicy=newest

[base]
name=Red Hat Linux $releasever base
baseurl=http://mirror.rootda.org/redhat/$releasever/os/$basearch

[updates]
name=Red Hat Linux $releasever updates
baseurl=http://mirror.rootda.org/redhat/$releasever/updates/$basearch
[/quote]
3)check-update를 수행하여 업데이트 가능한 패키지를 살펴본다.
[quote]# yum check-update
[/quote]
4)개별적으로 패키지를 업그레이드하거나 전체적으로 업데이트를 수행한다.
[quote]# yum update 패키지명
# yum udpate
[/quote]

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2006/07/04 10:22 2006/07/04 10:22
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맑은고딕 & subpixel rendering patch 적용

  • Posted at 2006/06/30 16:32
  • Filed under Linux
malgun gothic & subpixel rendering patch


리눅스에서 맑은고딕을 사용했고 여기에다 subpixel rendering patch를 적용한 후 firefox 모습입니다. 둘다 라이센스쪽에 문제가 있는걸로 알고있습니다. ^^;; 그래도 이쁜걸 어쩌겠습니까?

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2006/06/30 16:32 2006/06/30 16:32
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ubuntu에서 xgl 사용하기

  • Posted at 2006/06/30 16:19
  • Filed under Linux
xgl on ubuntu dapper 4
xgl on ubuntu dapper 3

노트북에서 죽어라 해봐도 안되길래 데스크탑(?)에 설치했습니다. 멋지구리하네요 정말!!

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2006/06/30 16:19 2006/06/30 16:19
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