이젠 Biopipe를 사용하시려면 biocommunity.kr로

현재 biopipe.net 사이트는 접속이 불가능하고 http://biocommunity.kr/로 이동하셔서 다시 가입하면 Biopipe를 사용하실 수가 있네요 ^^;;

아직 공식적으로 오픈한건 아닌데 지금 사용해도 괜찮은것 같습니다. 재미있는것은 Biopipe에서 사용 가능한 서비스를 제공하는 곳을 구글맵을 통해서 보여준다는 것입니다.

따라서, 자신이 만든 워크플로우의 흐름의 구글맵을 통해서 확인할 수 있다는 거죠. 참 재미난 기능을 추가 한것같습니다. 혼자 워크플로우 창에 서비스 가져다 놓으면서 어디서 제공하는건가 보고 있습니다. ^^;; 그외에도 여러가지 부분에서 조그마한 변화들이 보이네요.

biopipe
지금 서비스는 영국과 일본 미국에서 제공하는 것들로 이루어져 있네요 ^^

Posted by hongiiv

2007/11/29 13:12 2007/11/29 13:12
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Biopipe 경진대회 마감 ^^

오늘로써 Biopipe 경진대회가 마감이 된다. 그동안 주어진 문제에 대해서 Taverna와 Biopipe로 각각 풀어보면서 나름대로 재미있는 시간을 보냈다.

물론 간간히 짬을 내서 하는 작업이라 막판에는 밤늦도록 해야하기도 했지만 ^^;;

시간이 갈수록 괜히 문제를 풀었다는 생각이 들기도 했다. 문제 대신 파이프라인을 제작해서 제출했더라면 덜 막힐 수도 있었을텐데라는 생각도 들기도 했다. 잘 돌아가는 것들로만 만들면 ㅋㅋㅋ 대신 문제를 풀면서 더 많은 아쉬운 부분들이나 개선점에 대해서 알게되었으니 그걸로 만족하고 이번 경진대회를 마감한다.

모두들 수고하셨습니다. 이게 끝은 아닌거 다들 아시죠 ^ㅇ^ 이제 시작이니 다들 분발해주세요.


이 글은 스프링노트에서 작성되었습니다.

Posted by hongiiv

2007/09/20 23:14 2007/09/20 23:14
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Biopipe를 실제 사용하면서

Taverna를 통해서는 주어진 문제를 모두 풀었지만, Biopipe를 가지고는 아직도 문제를 풀고 있습니다. 아니 문제를 푼다기 보다는 모듈 또는 어답터를 요청하고만 있습니다.

앞으로 실제 사용하는 사용자들도 이러한 어답터나 자신이 원하는 모듈에 대한 제작 의뢰를 KOBIC에 하게 될텐데요. 지금까지 KOBIC의 대응에 대해서 몇가지 짚고 넘어가야 할 부분이 있어서 이렇게... 우선 칭찬은 아님니다. ^^;; 너무 수고 하시는데 죄송합니다.


Biopipe의 최대강점은 앞선 포스팅에서도 언급했듯이 모듈의 제작과 어답터 지원이라고 할 수 있다. 향후 어답터 부분은 시맨틱웹을 통해서 온톨로지 기반으로 지능을 추가하여 사용자가 일일이 어답터에 대한 신경을 쓰지 않고서도 지능이 내장된 시스템을 통해 어느 정도의 사용자의 수고를 덜어주는 방향으로 나가겠지만, 아직까지는 어답터의 갯수의 문제도 있기 때문에 이는 좀 기다려야 할것입니다.


그렇다면 현재로서는 모듈이나 어답터를 제작해주는 방식인데, 이것이 그리 시원시원스럽게 이루어지고 있지 않다는 것입니다. 이는 아직 베타기간이기 때문이다. 인력이 부족하다는 말로 애써 위로 받지 못할 부분입니다. 베타기간이기 때문에 더욱더 신경써야 하는 부분입니다. 사람에게서 첫인상이 중요하듯 이는 소프트웨어에서도 어느정도 일맥상통하는 부분입니다.


그럼 해결책은 물론 있습니다. 지금의 모듈이나 어답터의 요청은 게시판에 요청을하고 기다립니다. 그러면 요청시 입력했던 메일과 요청게시판에 완성되었다는 메세지가 등록됩니다. 그리고 사용자가 확인해보면 모듈이나 어답터가 제대로 작동하지 않는 경우가 종종있습니다. 이는 모듈제작자가 모듈제작시 충분한 테스트 작업이 이루어지지 않고 있다는것을 의미합니다. 좀더 시간이 걸리더라도 모듈이나 어답터 제작시 어떠한 가이드라인을 만들고 이 가이드라인 안에는 검증을 위한 프로세스가 물론 포함되어야 겠지요. 그 후에 모듈이나 어답터를 내놓아야 사용자로 하여금 신뢰가 쌓이고 이는 곧 Biopipe의 사용자를 늘리는데 한몫하게 될것입니다. 그리고 이러한 가이드라인의 프로세스의 진행상황을 요청자가 보고 어느정도 진행되었는지를 확인하게 하여 자신이 직접 참여하고 있다는 느낌을 받게 하는것도 중요할 것입니다.


Trac과 같은 web 기반의 project management와 bug나 issue 트랙킹 시스템도 그러한 참여를 유발하는 좋은 하나의 툴이 될 수도 있을 것입니다. 작지만 하나하나의 모듈이나 어답터도 분명 Biopipe의 한부분이고 오히려 Biopipe의 핵심이라고 할 수 있을것입니다.


메일이 날라오는것을 보면 늦은 시간까지 수고하시는것 같은데, 절대 어답터나 모듈의 제작시간이 빠르다고 해서 좋은것은 아닙니다. 느려도 상관없습니다. 일주가 걸려도 됩니다. 중요한 것은 이를 사용자가 함께 하고 있다는 느낌을 주는것과 동시에 한번 만들어진 모듈이나 어답터는 별다른 오류없이 한번 만들어서 내놓으면 잘 실행된다라는 인식을 사용자로 하여금 갖게 하는것이 중요한 것이라고 생각합니다.


윗분들은 빨리빨리 만들라고 재촉하지 마시고 잘 만들어서 Biopipe의 이미지를 강하게 심어주는데 힘을 실어주세요 ^^

이 글은 스프링노트에서 작성되었습니다.

Posted by hongiiv

2007/09/12 19:48 2007/09/12 19:48
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BioPipe 진행상황

BioPipe 경진대회의 문제 풀이 진행 상황에 대해서는 아래의 링크를 클릭하면 되고요 ^^ 지속적으로 업그레이드 되고 있습니다. 블로그에다가는 계속적으로 쓰기가 좀 마땅치 않아서 SpringNote를 이용하고 있습니다. ^^

현재까지의 진행상황

Posted by hongiiv

2007/09/11 16:47 2007/09/11 16:47
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KOBIC BioPipe 교육 참석 후기

9월 3일 Biopipe 교육이 숭실대학교에서 있었습니다. 1시부터 교육이 시작이었는데, 날씨가 무척이나 더웠습니다. 숭실대에 도착하니 시간이 시간인지라 더위에 헥헥대면서 벤처관을 찾았습니다. 12시50분쯤 도착했을 때에는 몇몇분이 강의실에 앉아 계셨습니다. 두리번 두리번 어 맞게 찾아왔나~ 촌놈마냥 두리번 거리자 한분이 홍창범씨 맞으시죠.. 블로그의 제 모습을 보고 KOBIC의 김태형씨가 인사를 먼저 건네셨습니다. ^^;; 온라인 상으로 한번 대화를 했을 뿐인데 공통의 관심사를 갖고 있어서인지 낯설지가 않았습니다. 총 3분이 KOBIC에서 나오셨는데, 김태형씨, 권제근씨, 그리고 한분은 멋지게 생기셨는데 이름이 가물가물 죄송합니다.

첫번째 교육은 biopipe와 관련되어 전반적인 내용을 김태형씨가 맏아 주셨습니다. BIT에 대한 소개 동영상도 상영해 주셨습니다. 그동안의 개발 내용과 앞으로의 계획에 대해서 말씀해 주셨는데, Biopipe가 다가 아니었더군요. 기존에 BioWorkBench를 통해 여러 프로젝트에 협력하고 계셨더군요. 간단하게 BioWorkBench를 공개한 버전이 바로 Biopipe가 되는것 같더군요. 올해안으로 BioCommunity와 BioOntology 그리고 Biopipe를 결합한 막강한 Bioportal을 향해 열심히 나가고 계시더군요.

질문시간이 있었는데 처음 교육시작시에는 다들 처음 듣는 거라더니 질문의 수준은 꽤 높고 핵심적인 질문들을 해주셨습니다. 질문에 UDDI 까지 등장하고 다들 웹 서비스에 조예가 깊으신 분들이...제공되는 WSDL과 실제 Biopipe의 내부까지 알고 싶어하시는 분도 계셨습니다. 제 옆에 앉으신 분은 XML의 저장에 대해 관심이 많으신것 같았는데 살짝 들어보니 전산전공하시는 분이시더군요.

두번째 교육은 권제근씨가 맏아주셨습니다. Biopipe에 대한 사용법과 실습으로 진행되었습니다. 차근차근 설명과 함께 중간중간 동영상 제작시 에피소드?까지 "이건 제가 기억이 안나서 다시 보는 겁니다." 웃음을 주셨습니다.

많은 대화를 나누지는 못했지만 앞으로의 e-Science와 커뮤니티 포털에 대해 이런저런 이야기를 나눌수 있는 시간이었습니다. 아쉬운점은 여러분야의 실험하시는분과 전산전공하시는분 저 같이 이것도 저것도 아닌 사람들이 다 모인 자리였는데 역시나 시간이 좀 모자란다는 생각이 들었습니다. 많은 분들이 궁금해 하시는 부분이 많은것 같은데 저녁이라도 먹으면서 좀더 많은 이야기가 오갔으면 좋았을텐데 라는 생각이 들더군요.

단순히 교육이 아니라 여러분야의 분들의 의견을 생생하게 들을 수 있는 좋은 기회였는데 이부분에서 조금 아쉬움이 남았습니다. 다음번에 단순 교육이 아니라 이러한 장으로 발전시켰으면 하는 바램이 있었습니다. 저녁도 제공해주시면 좋고 ^^;; 온라인상의 인맥도 중요하지만 역시 진정한 사람냄새는 오프라인이 최고죠. 다들 수고하셨습니다.

Posted by hongiiv

2007/09/04 10:47 2007/09/04 10:47
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Biopipe beta 경진대회

국가생물자원정보관리센터에서 Biopipe 경진대회를 실시한다. Biopipe는 Taverna와 유사한 워크플로우 툴로서 써보면서 몇가지 장단점을 비교해보았다.

nucleic_translation_transeq

Biopipe는 국내에서 개발되어서 아무래도 문제점이나 사용에 있어서 Taverna에 비해 피드백을 받기가 수월한점이 우선 장점이라고 할 수 있겠다. 그러나 아직까지 문서화가 잘 되어 있지 않다는 점은 앞으로 beta 딱지를 떼어내면 좀 좋아 질거라고 생각된다. 조금 모자란 툴이라도 문서화가 잘 되어 있어야 사용자를 끌어들이기가 수월하다.

Taverna가 자바어플리케이션인 반면 Biopipe는 웹브라우저 기반의 툴이다. Web 2.0에 맞도록 해당 페이지를 변환하지 않고 모든 작업을 할 수 있을 뿐만 아니라 자신이 만든 Biopipe를 공개함으로써 참여와 공유를 유발하고 있다는 점은 높이 살만한 점이다. 하지만 써보면서 스크립트 오류가 종종 발생하고 있다는 점은 역시 beta 딱지를 떼어낼쯤 완벽해 지겠지라는 생각을 들게 한다.

Biopipe의 가장 큰 단점은 사용자로 하여금 미세한 설정을 허락하지 않는다는 점이다. 이점은 장점으로도 부각될 수 있기도 한 요소이다. 다시말해 Taverna는 기본적인 웹서비스(Biopipe에서는 모듈이라는 표현을 사용) 이외에도 자신이 WSDL을 추가 할 수 있다. 하지만 Biopipe는 17개 정도의 기관에서 제공하는 웹서비스만을 제공하고 있다. 지속적으로 추가 한다면야 별 문제가 되지 않겠지만 말이다. 다른 또하나는 연결툴 부분이다. 여러개의 웹서비스의 in/out을 연결해서 하나의 프로세스를 작성하는 워크플로우에서 서로 상이한 in/out간의 연결을 위한 부분인 연결툴(? 연결모듈) 작성을 Taverna에서는 Beanshell 스크립트 등을 사용자가 직접 제작해서 사용할 수 있지만, Biopipe에서는 요청하면 만들어 주도록 해놓았다. 이러한 부분들은 어떻게 보면 프로그래밍에 능숙하지 않은 사용자 측면에서는 장점으로 작용할 수도 있지만, 어느정도 프로그래밍을 할 줄 아는 사용자에게는 불편한 점으로 인식될 수 있다.

전체적으로 보면 Biopipe는 웹서비스라는 개념을 가지고 한번더 가공해서 일반 사용자들도 쉽게 사용할 수 있도록 제작된 툴이라는 생각이 든다. 반면 Taverna는 웹서비스의 장점을 십분 발휘해서 사용자의 능력을 한껏 발휘 할 수 있도록 되어 있다는 점이다. 하지만 Biopipe 역시 이러한 의도(내가생각하는)와는 달리 사용하기가 만만치 않다는점이다. 이건 순전히 내 객관적인 생각이다. 앞으로 Biopipe가 대중적으로(대중이라고 해봤자 몇몇안되겠지만) 사용되기 위해서는 웹서비스의 복잡한 면은 최대한 숨기고 많은 모듈들을 제공한다면 충분히 활용가치가 있다고 생각한다. 단순히 툴을 내놓고 사용해라라고 한다면 분명히 일회성 이벤트 툴로서 끝날 가능성이 많지만, 지속적인 활용예와 제공되는 모듈들에 대한 설명 활용법들을 꾸준히 제공한다면 좋을것 같다.


경진대회내용

more..

Posted by hongiiv

2007/08/21 15:23 2007/08/21 15:23
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