http://socmaster.homelinux.org/~hongiiv/ 2009-08-23T10:59:19+09:00 Textcube 1.7.4 : Risoluto (hongiiv) http://socmaster.homelinux.org/~hongiiv/474#comment1037 2009-07-29T22:46:26+09:00

gbrowse는 R트리 알고리즘에 의해서 데이터와 함께 fbin값들이 함께 저장됩니다. 그리고 원하는 영역을 위와 같이 SQL로 만들어 주는 쿼리 함수도 존재합니다. 그리고 R트리 알고리즘은 공간정보에 최적화된 알고리즘이고 genome 역시 x,y좌표에서 x만(직선) 존재하는 공간이기 때문에(100bp에서 200bp 사이와 같이) R트리 알고리즘을 사용해서 검색을 하는 것이죠.. IP주소를 어떻게 비교 검색하는지 잘 모르지만, R트리는 앞서 말씀드린 공간정보에서 검색에 사용하고, 지놈 브라우저도 지놈상의 공간을 검색하기에 사용한 것이죠,,, 그리고 이를 gbrowse에서는 모두 구현해 놓았습니다.

(gwlee) http://socmaster.homelinux.org/~hongiiv/474#comment1036 2009-07-29T21:38:00+09:00

창범씨 질문 있습니다. 이 fbin필드에 들어가는 값들은 어떻게 생성하는 건가요?? R-Tree 알고리듬을 이용해서 생성해주는 스크립트가 존재하나요?? SQL쿼리중에 fbin 검색하는 부분도 자동적으로 생성되는 건가요?? fstart/fstop마다 변경되는 것인가요?? 게놈 정보는 아니고 IP주소를 빠르게 비교 검색해서 찾아야 하는데 해결법이 R-Tree같아서 문의드립니다.