질병 네트워크

final2

원은 하나의 질병을 나타내며, 원의 크기는 현재 질병과 다른 질병들과 관련되었음을 상대적으로 나타낸것으로 원의 크기가 클 수록 해당 질병이 다른 질병들과 연관이 많음을 나타낸다. (AIDS의 경우 4개의 서로 다른 질병과 연관이 있으며, Colon cancer의 경우 34개의 다른 질병들과 연관이 있다.)

원들 사이의 선은 서로 같은 유전자가 질병에 관여하면 질병간에 연결선이 생성된다. 선의 굵기가 굵을 수록 두 질병간에 연관된 유전자가 많음을 의미한다.(Diabetes mellitus와 MODY의 경우 총 5개의 유전자가 일치하기 때문에 굵은 선으로 연결되어 있다.)

Pajek 질병 네트워크 파일
(다운로드 하셔서 Pajek에서 열어서 보시면 위의 네트워크가 보입니다.)


추가 : 각 질병에 대해서 카테고리를 설정해서 원의 색상을 다르게 하려고 했지만, 논문(그냥 카테고리 만들었다고만 나옴 ㅜㅜ)이나 그 어디에서도 질병에 대한 카테고리 정보가 없어 그냥 오륀지 색으로 통일~~



Posted by hongiiv

2008/06/23 18:00 2008/06/23 18:00
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  1. terra19 2008/06/24 18:14 # M/D Reply Permalink

    Pajek을 설치해서 봤더니, 위의 그림 처럼 이쁘게 안나와요. 설정을 어떻게 하셨나요?
    Pajek은 cytoscape보다 단순하지만, 속도가 매우 빠르네요. ^ ^

  2. hongiiv 2008/06/25 08:41 # M/D Reply Permalink

    해당 net 파일을 통해서 네트워크를 그리면 기본 설정으로 그림을 그리게 됩니다. 따라서 net파일에 정의된대로 그림을 그리기 위해서 Option메뉴에서 size, line, color 등등을 input file에 정의된대로 그리도록 옵션을 설정해 줘야 되더군요,,, ^^ 저도 그것때문에 처음에 왜 이렇게 그림이 못생기게 나와~~라고 했습니다.

  3. terra19 2008/06/25 11:42 # M/D Reply Permalink

    네. 저도 여러 옵션들을 변경해 봤는데, 그래도 hongiiv님 처럼 멋있게는 안나오더군요. =_=;;
    아 그리고 오늘 본 흥미있는 기사가 있어서 링크를 걸어 놓겠습니다.
    cancer 연구에 grid computing을 이용한 곳이 있더군요.
    http://cels-at-home-dev.dyndns.org/cels/
    아래는 이와 관련된 기사입니다.
    http://www.biologynews.net/archives/200 ··· ect.html

  4. hongiiv 2008/06/27 00:54 # M/D Reply Permalink

    엇 왜 안나올까요?? 어떤식으로 보이는지 캡쳐라도 주시면 참고해 보고 알려드리겠습니다. 아는 한도내에서,,,, 그리고 좋은 정보 감사합니다. ^^

  5. 임원철 2008/08/14 15:32 # M/D Reply Permalink

    저도 옵션좀 가르쳐 주세요 굽신굽신

    1. hongiiv 2008/08/16 00:54 # M/D Permalink

      기본적으로 Options>Lines>Different Widths를 지정하면 net파일에서 지정한 대로 선의 굵기를 표시하게 됩니다. 추가로 Options들을 size, color등을 net파일에서 정의한 것으로 지정한다는 XXX define input file들을 선택해주시면 net 파일에서 정의한 대로 나오게 됩니다.

  6. 임원철 2008/08/17 16:36 # M/D Reply Permalink

    아 그렇군요

    다시 한번 시도 해봐야 겠습니다.

    감사합니다.

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