질병 네트워크 - 알츠하이머와 천식

알츠하이머천식이 관련이 있을까? 에이즈알츠하이머와의 관계는? 이러한 물음에 대한 접근을 보여주는 아주 재미있는 논문이다. 고려대학교의 고광일(물리학)교수의 논문이다. 처음에는 질병들간의 네트워크를 그리더니 이제는 약물과의 관계까지 ^^

The human disease network
Drug-target network
Mapping the Human 'Diseasome'

가장 기초적인 작업은 질병에 대한 정보를 제공하는 OMIM 데이터베이스에서 각 질병과 그 질병에 관여하는 유전자를 추출하고, 타 질병의 유전자와 일치하는 질병들간에 네트워크를 작성하는 것이다. 참 간단한 아이디어인데,,, 누구도 시도하지 않았다는것,,, ^^

박모박사님이 논문세미나 시간에 발표한 논문이었는데, 하나 그려 놓으면 재미있을것 같아서 데이터 파싱해서 일차적으로 Pajek을 이용해서 네트워크를 작성했다. 이제 질병의 카테고리별로 색상을 다르게 하고, 두 질병간의 공통된 유전자가 많을 수로 연결선을 굵기를 다르게 하는 것 정도만 추가하면,,, ^^ 암들은 서로 긴밀하게 엮여있군,,, 다음의 두 논문과 뉴욕 타임즈 기사를 기초로 작성하고 있고, 추후 작성 방법에 대해 포스팅 ^^;;

20
질병 네트워크(일부 ^^)

222
알츠하이머(Alzheimer disease)와  천식(Asthma)


Posted by hongiiv

2008/06/20 10:47 2008/06/20 10:47
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  1. terra19 2008/06/20 14:06 # M/D Reply Permalink

    허걱! 제가 정말 관심을 갖고 있는 주제이군요. ((물리학과 교수님이 저런 논문을 쓰시다뉘...))
    그리고, Pajak은 사용하기 편리하나요? 저는 이번에 cytoscape를 가지고 network를 그려봤는데 Pajak은 어떤지 궁금하군요. =_=;;
    마지막으로, 혹시 문제가 되지 않는다면 위에서 언급하셨던 질병네트워크의 전체 이미지를 볼 수 있을까요? 개인적으로 여러 암종간의 네트워크가 어떻게 그려지는 지 매우 궁금하네요.
    이렇게 좋은 정보를 많이 주셔서 항상 감사합니다. ^ ^

  2. terra19 2008/06/20 14:20 # M/D Reply Permalink

    링크된 자료를 보니 New York Time에 벌써 나와있군요. ㄷㄷㄷ
    이런 아이디어는 서로 많이 이야기 할수록 좋을 것 같은데,
    주변에는 다들 실험하느라 너무 바빠서 이런 이야기를 하면,
    뜬구름 잡는다는 소리를 들을까봐. 잘 못하겠어요. ㅠ ㅠ
    그나마, hongiiv님이라도 계셔서 너무 다행이라 생각합니다. ^ ^

  3. terra19 2008/06/20 15:57 # M/D Reply Permalink

    우연히 재미있는 글이 있어서 링크를 걸어봅니다. ^ ^
    http://gomufan.tistory.com/354

  4. hongiiv 2008/06/20 18:32 # M/D Reply Permalink

    pajek이 대규모(10,000노드?? 이상 인가??) 네트워크를 감당할 수 있는 유일한?? 놈이라고 하는거 같던데 뭐 그런건 잘 모르겠고, 저도 요거 그리면서 처음 사용해 봤습니다. 많이들 쓰시는것 같은데, 도큐먼트가 약하다고 하네요,, 그래서 저도 기본 기능만 사용하고 있습니다. ㅋㅋㅋ

    블로그에서 언급한 것과 같이 시간나면 한번 자세한 포스팅을 할 계획입니다. 그때 pajek이 쓸만한지 직접 확인해 보시는것이 ^^

  5. 배나온키위 2008/06/23 12:58 # M/D Reply Permalink

    ㅋㅋ

    1. hongiiv 2008/06/23 18:10 # M/D Permalink

      아니 왜 웃고 그런데,,, -.-

  6. 배나온키위 2008/06/26 10:24 # M/D Reply Permalink

    그냥 관심 받아볼려고..

    1. hongiiv 2008/06/27 00:55 # M/D Permalink

      음,,,, 관심 가져줬죠~~~??

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