1. snp 정보가 들어갈 데이터베이스를 생성한다.
mysql -u root -p -D test -e 'create table snp(chrom varchar(10) ,chromStart int not null,chromEnd int not null,name varchar(20) unique not null)'
2. 만든 snp 테이블을 UCSC의 dbsnp 데이터로 채워 넣는다.
mysql -N --user=genome --host=genome-mysql.cse.ucsc.edu -A -D hg18 -e 'select chrom,chromStart,chromEnd,name from snp126 where chrom="chrM" ' |\
gawk -F ' ' '{printf("insert into test.snp(chrom,chromStart,chromEnd,name) values (\"%s\",%s,%s,\"%s\");\n",$1,$2,$3,$4);}' |\
mysql -u login -p
끝. SNP 연구하시거나 할때 유용하게 단 두줄(줄은 좀 길어요 ^^) 잊지 마세요.
Posted by hongiiv