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리눅스에서 클러스터를 이용한 병렬프로그래밍(mpich)에 대한 내용은 인터넷을 조금만 찾아보면 아주 많은 문서들을 찾아 볼 수 있다. 다시한번 정리해보는 의미에서 여기에 남긴다. ^^;;

mpich 1.2.7p1이 지금 현재 최신버전으로 http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich1/에서 다운로드하여 설치한다. 압축을 해제하고 다음의 configure,make,make install을 수행하기만 하면 된다.

# ./configure --with-arch=LINUX --with-device=ch_p4 # make # make PREFIX=/usr/local/mpich-1.2.7p1 install /usr/local/mpich-1.2.7p1/share/machine.LINUX 파일에서 mpich를 수행할 노드 지정
# Change this file to contain the machines that you want to use # to run MPI jobs on. The format is one host name per line, with either # hostname # or # hostname:n # where n is the number of processors in an SMP. The hostname should # be the same as the result from the command "hostname" gene1 node01 node02 node03 node04 /usr/local/mpich-1.2.7p1/example에 들어있는 예제들을 컴파일 하여 실행해본다. 여기서 모든 노드들은 패스워드없이 rlogin,rsh가 수행되어야 함은 물론 수행할 프로그램은 nfs와 같은 공유 디렉토리에 있든지 모든 노드의 동일한 위치에 있어야 한다. <-주의!!!!

[root@gene1 example]# /usr/local/mpich-1.2.7p1/bin/mpicc -o mpi_test mpi_test.c [root@gene1 example]# /usr/local/mpich-1.2.7p1/bin/mpicc -o cpi cpi.c [root@gene1 mpi]# /usr/local/mpich-1.2.7p1/bin/mpirun -np 5 mpi_test Hello, World! I am gene1.biohealthinfo.org with 0 of 5 Hello, World! I am node02.biohealthinfo.org with 2 of 5 Hello, World! I am node03.biohealthinfo.org with 3 of 5 Hello, World! I am node04.biohealthinfo.org with 4 of 5 Hello, World! I am node01.biohealthinfo.org with 1 of 5 [root@gene1 mpi]# /usr/local/mpich-1.2.7p1/bin/mpirun -np 5 cpi Process 1 on node01.biohealthinfo.org Process 2 on node02.biohealthinfo.org Process 3 on node03.biohealthinfo.org Process 0 on gene1.biohealthinfo.org Process 4 on node04.biohealthinfo.org 프로그램 수행시 노드의 machine파일을 다음과 같이 지정해 줘도 된다.
mpirun -np 2 -machinefile nodefile -nolocal {full path}/cpi
mpi_test.c 소스
#include "mpi.h" int main (int argc, char *argv[]) { int nproc; int iproc; char proc_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME]; int nameLength; MPI_Init (&argc, &argv); MPI_Comm_size (MPI_COMM_WORLD, &nproc); MPI_Comm_rank (MPI_COMM_WORLD, &iproc); MPI_Get_processor_name (proc_name, &nameLength); printf ("Hello, World! I am %s with %d of %d\n", proc_name, iproc, nproc); MPI_Finalize (); return 0; }

Posted by hongiiv